Pdでは、[notein 1] ・ [notein 2] として、チャンネル1と2を分けて受信します。

Arduinoでは、MIDIノート信号を2つ続けて送信します。

MIDIノートメッセージの3つのデータのうち、チャンネルに相当する最初のデータを「0x90」「0x91」とすることでチャンネルを分けて送信することができます。

「0x90」はMIDIチャンネル1となるので、ここにアナログA0のデータを。「0x91」はMIDIチャンネル2となるので、アナログA1のデータを送ります。