Diagramme en violon avec R 

1. Préparer les listes des valeurs récapitulant ici les âge en millions d'années (Ma) de chaque fossile. (Ici des données simulées)

x <- (c(rnorm(10000,50,8),rnorm(10000,5,4),rpois(10000,80)))+25-200;x=x[x<=(-65)]

y = (rpois(10000,80))-205

z = rpois(10000,10)+20-205

d = rpois(10000,20)*3;d = d[d>median(d)];d=d*-1+180-182

2. Installer la première fois le package vioplot puis l'exécuter à chaque fois qu'on ouvre R

install.packages("vioplot") # installation

library(vioplot) # exécution

3. Tracer le diagramme en violon

vioplot(x,y,z,d,col="#99DD99",ylim=c(-200,0),names=c("Espèce A","Espèce B","Espèce C","Espèce D"))

# NB : pour avoir des vioplot de couleurs différentes : cf. ce lien

4. Annoter le diagramme

axis(2, c(-65)); # Ajouter une graduation à -65 Ma

abline(h=-65,lty=3) # Ajouter un trait horizontal en pointillés à -65 Ma

title(ylab = "Âge BP (en millions d'années)", main="Densité des fossiles retrouvés en fonction de leurs âges",sub="On voit nettement les effets associés à la crise d'extinction il y a 65 Ma") # Ajouter les titres