Diagramme en violon avec R
Cette exemple permet de voir comment tracer de simples diagrammes en violon avec R.
Pour en savoir plus : se rendre dans la rubrique pour aller plus loin avec les diagrammes en violon.
Exemple : Réaliser un diagramme en violon sur l'étude d'espèces éteintes
Ce diagramme permet de visualiser la densité d'occupation du territoire à différentes époques. Cela permet de visualiser la succession des espèces, les périodes de domination mais aussi les crises d'extinction accompagnées de l'extinction brutale de plusieurs espèces.
Préparer les listes des valeurs récapitulant ici les âge en millions d'années (Ma) de chaque fossile. (Ici des données simulées)
x <- (c(rnorm(10000,50,8),rnorm(10000,5,4),rpois(10000,80)))+25-200;x=x[x<=(-65)]
y = (rpois(10000,80))-205
z = rpois(10000,10)+20-205
d = rpois(10000,20)*3;d = d[d>median(d)];d=d*-1+180-182
2. Installer la première fois le package vioplot puis l'exécuter à chaque fois qu'on ouvre R
install.packages("vioplot") # installation
library(vioplot) # exécution
3. Tracer le diagramme en violon
vioplot(x,y,z,d,col="#99DD99",ylim=c(-200,0),names=c("Espèce A","Espèce B","Espèce C","Espèce D"))
# NB : pour avoir des vioplot de couleurs différentes : cf. ce lien
4. Annoter le diagramme
axis(2, c(-65)); # Ajouter une graduation à -65 Ma
abline(h=-65,lty=3) # Ajouter un trait horizontal en pointillés à -65 Ma
title(ylab = "Âge BP (en millions d'années)", main="Densité des fossiles retrouvés en fonction de leurs âges",sub="On voit nettement les effets associés à la crise d'extinction il y a 65 Ma") # Ajouter les titres
Un autre lien externe : stackoverflow