Avogadro

O Avogadro é um editor e visualizador de moléculas avançado projetado para uso multiplataforma em química computacional, modelagem molecular, bioinformática, ciência de materiais e áreas relacionadas. Oferece renderização flexível de alta qualidade e uma poderosa arquitetura de plugins.

https://avogadro.cc/

IQMol

IQmol é um editor molecular de código aberto gratuito e um pacote de visualização. Ele oferece uma variedade de recursos, incluindo um editor molecular, geração de superfície (orbitais e densidades) e animações (modos vibracionais e vias de reação).

http://iqmol.org/