In deze periode traden een aantal afwijkingen op van de door Augustinus beïnvloede beginselen van de vroeg christelijke denkers. Anselmus van Canterbury (1033-1109) was een benedictijn die stelde dat geloof de rede moest voorafgaan, maar gaf tevens aan dat ze compatibel waren. Op die manier stimuleerde hij het rationalisme binnen een christelijke context. Er volgde een ware filosofische explosie. Petrus Abaelardus volgde Anselmus' werk en legde zo de basis voor de studie van Aristoteles, nog voor de eerste werken van Aristoteles het westen bereikten. Zijn belangrijkste invloed op de alchemie was zijn stelling dat Platoonse ideeën (nu universalia genoemd) geen apart bestaan buiten het bewustzijn hadden.
Albertus Magnus (1193-1280) en Thomas van Aquino (1225-1274) waren beiden Dominicanen die Aristoteles bestudeerden. Beiden trachtten de verschillen tussen filosofie en christendom te verzoenen. Thomas deed ook een groot deel van het werk in de ontwikkeling van de wetenschappelijke methode.
De eerste echte alchemist in het middeleeuwse Europa was Roger Bacon. Zijn werk betekende voor de alchemie evenveel als wat Robert Boyle voor de chemie en Galileo Galilei voor astronomie en natuurkunde hadden gedaan. Bacon (1214-1294) was een franciscaner van Oxford die naast alchemie optica en talen bestudeerde. Het franciscaanse ideaal om de wereld te nemen zoals hij was in plaats van hem af te wijzen, leidde tot zijn overtuiging dat experimenten belangrijker waren dan redeneren.
De Fransman Nicolas Flamel was een van de weinige alchemisten die in deze voor alchemisten moeilijke periode schreef. Flamel leefde van 1330 tot 1417 en zou het archetype worden voor de alchemisten na hem. Hij was geen religieuze geleerde zoals veel van zijn voorgangers. Zijn hele interesse in alchemie draaide rond de zoektocht naar de steen der wijzen, waarvan hij ook beweerde de formule gevonden te hebben. Gedurende de late middeleeuwen (1300-1500) waren alchemisten net als Flamel geconcentreerd op zoek naar de steen der wijzen en het elixer van de jeugd.
De Duitser Heinrich Cornelius Agrippa (1486 - 1535) was een alchemist die van zichzelf geloofde dat hij geesten kon oproepen. Zijn invloed was niet zo groot, maar net als Flamel produceerde hij geschriften waar door latere alchemisten naar verwezen zou worden. Eveneens net als Flamel heeft hij veel gedaan om alchemie van een mystieke filosofie om te vormen tot een occulte magie.
Tekst: Julien Grandgagnage