TrackMate2MATLAB

~FijiのTracking ToolのTrackMateをMATLABと連携させて使用する方法~

%MATLABコマンドラインでFijiを起動する %ImageJのパネルを表示させない Miji(true); %ImageJのパネルを表示させない Miji(false);

% 解析したい画像ファイルを選択する imp = ij.ImagePlus('/Users/tinevez/Desktop/Data/FakeTracks.tif'); imp.show();

サンプルコードを実行すると

FastLAPTrackerFactory関数が未定義とのエラーが出る

A simple tracking exampleにおいて

settings.trackerFactory = fiji.plugin.trackmate.tracking.FastLAPTrackerFactory();

はそのままではエラーが出るので

settings.trackerFactory = fiji.plugin.trackmate.tracking.oldlap.FastLAPTrackerFactory();

と書き換える

Using imports in MATLABでは

冒頭のimportの部分に

import fiji.plugin.trackmate.tracking.oldlap.*

を追加すると実行できる。

自分で作成した画像(217 Timepoint)を使用すると

"java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space"

のエラーがでた。

10 timepointではエラーが出なくて実行できる。(パラメータが合っていないのでトラッキング自体はうまくいかない)

ImageJ側でメモリの設定ができるらしい。

http://imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#memory