SortNLSNESCAAX

FRETImageProcess2.SortNLSNESCAAX関数

NLS,NES,CAAXのいずれかの局在シグナルを持つ細胞が混ざっている画像において、

FRET画像と、FRETImageProcess2.Segmentation関数によって得た核の位置情報をもとにして、

それぞれの細胞がNLS、NES、CAAXのどれであるかを判別する。

細胞質の領域を取得するためにFRETImageProcess2.RegionGrowing関数を用いる。

（ソースコードには前バージョンのコードと注釈が

一部コメントアウトされて残っている）

アルゴリズムについての図はこちら

NLSの判別は、核内のintensityと核の周囲のintensityを比較して、

核内が核の周囲よりも明るければNLSとする。

NESかCAAXかの判別は、細胞全体のintensityのSDを計算し、

SDが特定の値以上であればNES、特定の値以下であればCAAXと判定する。

thresholdは引数で指定する。

NESは核内と核外でintensityの差が大きいことに加えて、

細胞全体のintensityがCAAXよりも大きいためにSDが大きくなる。

SortArray = SortNLSNESCAAX(FRETimage, SegmentationMatrix, SD_NES, SD_CAAX)

引数

FRETimage (２次元行列またはTiffオブジェクト)

wavelengthがFRET(YFP)の画像データを格納した数値行列またはTiffオブジェクト。

CFP画像はFRET画像より暗いことが多いのでFRET画像の方が好ましい。

また、核の位置にずれがないよう、

segmentationに用いた核の画像とできるだけ近いtimepointの画像がよい。

数値のデータ型は何でもよい。

小数値を含む場合はround関数により四捨五入される。

SegmentationMatrix (整数の２次元行列)

FRETImageProcess2.Segmentation 関数の戻り値。

戻り値

SortArray（整数の配列）

各細胞がNLS,NES,CAAXのどれであるかを格納する行列

SegmentationMatrixにおいて、

核の領域の値がNである細胞についての判定結果が

SortArrayのN番目に格納される。

格納される値は

NLSと判定されたら2

NESと判定されたら3

CAAXと判定されたら4

判定不能であれば5

N=1の領域は背景なのでSortArray(1)には判定結果が格納されず、値は0である。