FRETImageProcess2.RegionForOutput関数
NLS,NES,CAAXのいずれかの局在シグナルを持つ細胞が混ざっている画像において、
画像のnoiseを除いた上で、
FRETImageProcess2.SortNLSNESCAAX関数の結果をもとに、
各細胞のIntensityを出力する領域を取得する。
timelapse imageにおいて、浮遊している死細胞などが動くと、
それが映っている領域は正しいintensityが取れないため、
noise領域として除外する必要がある。
図はこちら。図中のイメージング動画はこちら
timelapse imageのmaximum imageとminimum imageを求めて
その差分をとるとnoiseが浮き彫りになる。
（あるピクセル(image(x,y))について、すべてのtimepointの中で最も高い/低いintensityをmaximum/minimum image(x,y)の値とする）
NLSまたはCAAXと判定された細胞は核内の領域を取得し、
NESと判定された細胞は核の1〜2ピクセル周辺の領域を取得する。
CAAXは核内でも核の周囲でもFRET ratioがほぼ同じであるために、
簡略化のため核内の領域を取っている。
本来は細胞質全体にした方がいいかもしれない。
RegionForOutput = RegionForOutput(Imaging_Info, Tiff_Array, Position, WaveName, SegmentationMatrix, SortArray)
引数
Imaging_Info (構造体)
FRETImageProcess2.ReadNDFile 関数の戻り値
Tiff_Array (３次元セル配列)
FRETImageProcess2.ReadTiffFile関数の戻り値のImage_array
Tiff_arrayという名前なのは旧バージョンの名残。
Position (整数)
画像のposition
WaveName (文字列)
FRET(CFP)画像のwavelengthの名前
CFP画像はFRET画像より暗いことが多いのでFRET画像の方が好ましい。
SegmentationMatrix (整数の２次元行列)
FRETImageProcess2.Segmentation 関数の戻り値。
SortArray（整数の配列）
FRETImageProcess2.SortNLSNESCAAX関数の戻り値
戻り値
RegionForOutput（整数の２次元行列）
MATLAB備え付けのwatershed関数の戻り値および
引数のSegmentationMatrixと同じ形式。
SegmentationMatrixと同じサイズで、
値が1の領域は背景、
値がN(2以上の整数)の領域はN番目のラベル付けをされた細胞のintensity出力領域。