How to perform numerical simulation by CellDesigner
CellDesignerを使った数値計算の方法
核内と細胞質などの体積が違うもの反応式に入れる場合
MATLABへのExport
Systems Biology WorkBench(SBW)のTranslatorsを使って、CellDesignerで作ったモデルをMATLABの関数ファイルに変換する。
変換した関数コードはシミュレーション内容によってはうまくシミュレーションできないので、必要があればコードを修正する。
配布元ではSBWをインストールしてからCellDesignerをインストールするのを推奨している。
macではうまく起動できない？
CellDesingerのメニューバーからSBWのTranslatorsを呼び出すか、プログラムから SBML Translatorsを開いてCellDesignerファイルを読み込み、MATLABタブを押すとfunction mファイルのコードが表示される。
コードには
function xdot = [モデル名](time,x)
という関数（モデル関数）の下に、function z = pow (x, y) などがあるが、これらは必要ない。
モデル関数を使うとき、speciesの濃度は引数に指定できるが、
パラメータは関数内で定数として記述されているため、
パラメータを変動させるシミュレーションをするときは、
パラメータを引数に指定できるようにモデル関数を修正する。
EGFのように、constant valueとして設定したspeciesの濃度も、モデル関数ではパラメータの一種という扱いである。
自動で修正するプログラムはこちら
このプログラムでは、モデル関数の引数であるxの行数を増やして、すべてのspecies濃度とパラメータをxに入れるように変更している。
修正内容
・xdot = zeros(○○, 1); の行で、戻り値（xdot）の行数を変更する。
・「% Global Parameters」以下の、「g_p○○ = 〜」とパラメータの値を設定している行を削除する。
・「% set initial conditions」以下で、speciesの初期値の下にパラメータの値を設定する行を追加していく。speciesと同じように、xdot(○○) = 〜 と番号を続けて書いていく。
・「else」と「% calculate rates of change」の間に、引数として指定したパラメータをg_p○○に格納するコードを記述する。
g_p○○ = x(○○); のように書いていく。
・「xdot = [ 」以下の、各speciesの濃度変化を格納する行列に、
引数として追加したパラメータについての行を追加する。
パラメータは定数なので 0 をパラメータの数だけ並べていく。