FCCSanalysis_PCNCKd.m
FCS/FCCS解析を行うときに実行するスクリプト。
ポジコン、ネガコン、タンパク結合データのそれぞれについて
顕微鏡で計測したGFP, HaloTagの生データを読み込んで自己相関、相互相関を求め
correlation curveをフィッティングしてパラメータを推定し
そこからKdを推定するまでを行う。
使い方は.mファイルに同梱の「MATLABのFCCS解析プログラム説明.xlsx」を参照。
ソースコードの大まかな内容は以下の通り。
1. ユーザー設定項目（7行目〜39行目）
実行する前にユーザーが入力する項目
2. 並列処理のためのmatlabpoolを開く（43行目〜54行目）
新しいバージョンのMATLABではmatlabpool命令が削除されているので
そのまま実行するとエラーが出る。
表示されたエラーメッセージに従ってparpoolを用いたコードに書き換える必要がある。
3. 生データの数を調べる（59行目〜64行目）
Func_dirNumber関数を用いて、どのフォルダに生データが入っているのか
ポジコン、ネガコン、タンパク結合データそれぞれについて調べる。
詳しくはFunc_dirNumber関数の説明を参照
4. ポジコン(PC)、ネガコン(NC)、タンパク結合データ(KD)の
解析結果を格納するセル配列を宣言する。（66行目〜70行目）
セル配列の行数は生データが入っているフォルダの数（観測点の数）に相当する。
以後のコードでFunc_AcXcFit関数が呼び出されたときに、
戻り値outputとparameterがそれぞれ1列目と2列目に格納されるようになっている。
戻り値について詳しくはFunc_AcXcFit関数の説明を参照。
5. ポジコンのデータ解析（74行目〜160行目）
ポジコンの各生データに対して、Func_AcXcFit関数を呼び出して解析を行いグラフ化する。
(a) コントロールとして不適切なデータを手動で削除するために、
correlation curveとチェックボックスを配置したウィンドウを作る。（82行目〜104行目）
(b) Func_AcXcFit関数を呼び出して解析を行い結果をセル配列に格納する。（106行目〜131行目）
(c) 解析結果のcorrelation curveを(a)で作成したウィンドウに描画する。（133行目〜151行目）
(d) ウィンドウが閉じるまで待ち、
閉じた後チェックボックスの内容を変数に格納する。（153行目〜156行目）
6. ネガコンのデータ解析（162行目〜249行目）
ネガコンの各生データに対して、Func_AcXcFit関数を呼び出して解析を行いグラフ化する。
手順は5.と同様
7. ポジコン、ネガコンの解析結果をまとめたグラフを作成し保存する。（251行目〜355行目）
8. ポジコン解析結果からG0を取得しRCCを計算する。（359行目〜414行目）
解析結果のセル配列（4.で宣言し5.で値を格納したもの）からG0を取り出す。
G0を取得するとき、２成分fittingをした結果からどちらの成分がFCS/FCCSの成分かを
判別して取得するようにコードが書かれているが、これは旧プログラムの名残である。
現プログラムでは1成分fittingをしている（Func_Fitting関数の説明を参照）ので
ここまで長いコードにする必要は無い。
（注意：取得したG0は変数g0_gfp, g0_halo, G0_ghcross, G0_hgcross, G0_crossのそれぞれに格納されるが、PC、NC(9.の手順)、KD(12.の手順)で同じ変数名を使っているためPC, NCについてのG0の変数がKDについてのG0の変数で上書きされてしまう。よって解析後のワークスペースからPCやNCのG0を取り出すことができない。FCCSanalysis_PCNC140805.mでは修正している。）
9. ネガコン解析結果からG0を取得しRCCを計算する。（417行目〜469行目）
手順は8.と同様
10. RCCのグラフを作成して表示、保存する。（471行目〜479行目）
11.タンパク結合データの解析（481行目〜519行目）
手順は5.の(b)と同様
12. タンパク結合データの解析結果からG0を取得する。（521行目〜563行目）
手順は8.と同様
13. タンパク結合データの解析結果をまとめたグラフを作成し保存する。（565行目〜597行目）
14. 各観測点についてパラメータfree_G, free_H, crcc_G, crcc_Hを計算する。（601行目〜640行目）
15. 各細胞における観測点のうちパラメータが平均から外れた点を調べ、この点を除いたパラメータの平均値とSDを計算（642行目〜700行目）
1細胞につき7点観測していると643行目で設定している。細胞数は観測点の数を7で割って求めている。
16. Kdを推定する（702行目〜731行目）
17. Kd推定結果のグラフを描画して保存する（733行目〜783行目）
18. ここまでの全てのワークスペースの変数を保存する。（785行目〜787行目）