FRETImageProcess2.ModifySortArray関数
NLS,NES,CAAXのいずれかの局在シグナルを持つ細胞が混ざっている画像において、
FRETImageProcess2.RegionForOutput関数で出力された
細胞のIntensity出力領域が小さすぎる場合、
その細胞を判定不能と見なし、Intensityを出力しないようにする。
具体的には、Intensity出力領域が5ピクセル以下の細胞について、SortArray(FRETImageProcess2.SortNLSNESCAAX関数の戻り値)の値を
5(判定不能)に修正したSortArrayを作成する。
(ソースコードには過去バージョンのコードと注釈が
一部コメントアウトされて残っている)
ModifiedSortArray = ModifySortArray(Imaging_Info, Tiff_Array, Position, WaveName, SegmentationMatrix, SortArray, RegionForOutput)
引数
Imaging_Info (構造体)
FRETImageProcess2.ReadNDFile 関数の戻り値
Tiff_Array (3次元セル配列)
FRETImageProcess2.ReadTiffFile関数の戻り値のImage_array
Tiff_Arrayという名前なのは旧バージョンの名残。
Position (整数)
画像のposition
WaveName (文字列)
FRET(CFP)画像のwavelengthの名前
CFP画像はFRET画像より暗いことが多いのでFRET画像の方が好ましい。
SegmentationMatrix (整数の2次元行列)
FRETImageProcess2.Segmentation 関数の戻り値。
SortArray(整数の配列)
FRETImageProcess2.SortNLSNESCAAX関数の戻り値
RegionForOutput(整数の2次元行列)
FRETImageProcess2.RegionForOutput関数の戻り値
戻り値
ModifiedSortArray(整数の配列)
SortArrayと同じ形式。
各細胞がNLS,NES,CAAXのどれであるかを格納する行列
SegmentationMatrixにおいて、
核の領域の値がNである細胞についての判定結果が
SortArrayのN番目に格納される。
格納される値は
NLSと判定されたら2
NESと判定されたら3
CAAXと判定されたら4
判定不能であれば5
N=1の領域は背景なのでSortArray(1)には判定結果が格納されず、値は0である。