FRETImageProcess2.Segmentation 関数
核が染まった画像において核の領域を認識する。
核画像のBackground intensityはあらかじめ引いておくこと。
元画像からバイナリイメージを得るためのアルゴリズムは
thresholdを設定しないため、
核によってintensityにばらつきがあっても対応できる。
バイナリイメージ作成後watershedアルゴリズムを用いているため、
複数の核が接触している場合でも一つ一つの核の領域を分割する。
(実際よりも分割されすぎることもある)
核の画像はもともとお互いが離れていることが多いため
watershedを使わなくてもいいかもしれない。
SegmentationMatrix = Segmentation(NucleusImage)
引数
NucleusImage (2次元行列またはTiffオブジェクト)
核染色画像データを格納した数値行列またはTiffオブジェクト。
数値のデータ型は何でもよい。
戻り値
SegmentationMatrix (整数の2次元行列)
MATLAB備え付けのwatershed関数の戻り値と同じ形式。
引数のNucleusImageと同じサイズで、
値が0の領域は輪郭線、
値が1の領域は背景、
値がN(2以上の整数)の領域はN番目のラベル付けをされた核である。
もし画像の一番左上のピクセルが核の領域だった場合は
その核の領域の値が1で、背景の値は2になる。
結果を目で確認したい時は、
figure,imshow(label2rgb(SegmentationMatrix,'jet'));
のように書く。