そして独立直後の1948年8月、アブドゥル・カシム（Abdul Kasim）という地元の人気歌手だった人物が、ムジャヒッド党（Mujahid Party：MP）という武装組織を結成し、ムスリムの自治区設置を訴えて反政府武装闘争を始めた。当時、国軍はビルマ共産党（CPB）やカレン民族解放軍（KNLA）の前身・カレン民族防衛機構（Karen National Defence Organisation：KNDO）の反乱鎮圧にかかりきりで、ラカイン州まで手を回せなかった事情もあり、MPはまたたくまにラカイン州北部を制圧。彼らは仏教徒の村々を焼き払い、東パキスタン（現在のバングラデシュ）に大量の難民が雪崩れこんだ。

しかしミャンマー国内の他のムスリムの協力と理解を得られず、またインドから莫大な軍事援助を得、CPBとKNDOの反乱鎮圧の目途が立った1949年頃から、国軍反撃に遭うようになる。1950年、アブドゥル・カシムは暗殺され、1954年のモンスーン作戦という軍事作戦の後は反乱は沈静化、1960年にはMPの党員290人が政府に投降し、反乱はほぼ鎮圧された。その後も新ムジャヒッド党とも呼ばれるムスリム・ロヒンギャ民族解放党（The Muslim 《or Rohingya》 National Liberation Party：MNLP）が活動していたが、大きな勢力にはならなかった。このMPの反乱に混乱を受け、政府はラカイン北部を政府直轄地とするマユ辺境行政区を設置した。しかし1962年のネウィンの軍事クーデター後は有名無実化し、1964年に解除された。

一方、RPFの残党とRSOの脱退者が結集して1986年に弁護士のヌルル・イスラム（Nurul Isram）が、より穏健なアラカン・ロヒンギャ・イスラーム戦線（Arakan Rohingya Islamic Front：ARIF）を結成したが、ここも数十人の兵士を抱えるだけで武装闘争は行わなかった。

両組織は国際連帯のみならず、国内の少数民族武装勢力との連帯も試み、少数民族武装勢力の連帯組織・民族民主戦線（National Democratic Front）や後には少数民族武装勢力と1988年民主化運動の学生組織の連帯組織・ビルマ民主同盟（Democratic Alliance of Burma）への参加を模索し、両組織の本部があるKNUの本拠地マネプロウを訪れ、会談を持ったりしたが、両組織のメンバーだったアラカン解放軍（ALA）の反対にあい実現しなかった。

1980年代後半から1990年代前半にかけてRSOは国際的注目を浴びた。当時ラカイン州ではロヒンギャのRSO、ARIF以外にもALAも参加していたアラカン民族統一戦線（National United Front of Arakan）やラカイン族のアラカン軍（Arakan Army）（AAとは同名別組織）などの武装組織が乱立しており、これらの組織はミャンマー国内でほとんど武装闘争をしていなかったものの、RSOとARIFが新たな資金源を得て軍事訓練を始めたという報告が浮上し始め、1991年、国軍はこれらの武装組織掃討を目的とした清潔で美しい国作戦（Operation Pyi Thaya）を発動した。作戦の詳細は明らかになっていないが、約25万人の難民がまたしてもバングラデシュに流出。1988年民主化運動直後の出来事だったので、この事件は国際的注目を浴び、ロヒンギャの存在が世界中に知られるきっかけとなった。結局、政府は国連難民高等弁務官事務所（UNHCR）の支援を受け、19万人の難民をミャンマーに帰還させた。

1992年4月、政府は国境地帯入国管理機構（ナサカ）を設置してロヒンギャの生活管理を強化し、さらにラカイン北部への仏教徒の移植を進めた。

90年代にはイスラーム復興運動の影響がミャンマーにも及び、ミャンマー国内のムスリムがムスリムらしい格好をするようになったり、モスクでの礼拝に列をなすようになったり、786と書かれたムスリム商店が街中に増えたりして、ムスリムの武装集団だけではなくムスリムの存在そのものを脅威とみなす雰囲気が強まり、2001年9.11テロでそれは決定的となった。なお9.11テロを実行したアルカイダにはバングラデシュの難民キャンプでリクルートされたロヒンギャも含まれており、彼らは地雷処理やポーターなど戦場でもっとも危険な任務を充てがわれていたのだという。2001年にはシットウェ、タウングー、タウンジー、ピュー、タウンドウィンジー、ピー、バゴー、パコック、ヒンダダなど各地でムスリムと仏教徒との衝突が頻発した。

2016年10月19日、ラカイン州の複数箇所の警察署を何者かが襲撃し、警察官9名が殺害される事件が発生した。この時、武装勢力は「ハルカ・アル・ヤキン」（信仰の運動）と名乗っており、サウジアラビア出身のムスリムがリーダーで、豊富な資金を持ち、外国で訓練を受けていたということしかわかっていなかった。民政移管後、ミャンマーにおけるムスリム排斥運動の高まりにより、海外のムスリム・コミュニティでは「ミャンマーに対してジハードを」という声が高まっていたが、それが姿を現した形だった。

武装勢力の正体はアラカン・ロヒンギャ救世軍（Arakan Rohingya Salvation Army）というグループで、リーダーはアタウッラー・アブ・ジュヌニ（Ataullah abu Ammar Jununi）。彼はパキスタンのカラチで生まれたロヒンギャ移民で、その後、家族でサウジアラビアに移住。富裕層の子弟の家庭教師をするなどして、わりと裕福な生活をしていたところ、2012年から2013年にかけてのミャンマーにおけるムスリムと仏教徒の衝突を知ったことをきっけに、ロヒンギャ・ナショナリズムに目覚めたのだという。

パキスタンに帰国したアタウラーは、サウジアラビアの富裕層やサウジアラビア在住のロヒンギャからの寄付からなる豊富な資金をバックに、イスラム過激派の協力を取り付けようとしたがことごとく失敗。その後、仲間たちと一緒にバングラデシュに密入国し、2013年、コックスバザールの難民キャンプでARSAを結成した。