La storia di Monaco di Baviera iniziò nel 1158 quando Enrico il Leone, duca di Sassonia, installò un accampamento militare battezzandolo Munichen (in latino Monacum, in volgare Monachium): mezzo secolo più tardi essa ricevette lo status di città fortificata. Inizialmente il vescovo ed Enrico ebbero una disputa su chi dovesse mantenere il controllo della città, ma, in seguito a contrasti insorti tra lo stesso Enrico e l'imperatore Federico I Barbarossa, quest'ultimo concesse nel 1180 a Ottone I di Wittelsbach il titolo di duca di Baviera. I suoi discendenti, la dinastia Wittelsbach appunto, avrebbero governato la Baviera fino al 1918. Nel 1255 il ducato bavarese venne scisso in due e Monaco divenne la residenza ducale dell'Alta Baviera.

Nel 1327 l'intera città fu distrutta da un incendio, ma venne ricostruita in pochi anni grazie anche all'aiuto dell'imperatore del Sacro Romano Impero Ludovico IV.