Outbreak 5 - Bioinformatik 1

1. Hvad vil det sige, at to stykker DNA er 'homologe'?

2. Hvad menes med 'alignment'?

3. Hvad kan gøre det vanskeligt, at aligne to sekvenser?

4. Hvis diagonalen af dots forskydes nedad med fx tre baser, hvad kan det så betyde?

5. Hvis diagonalen af dots forskydes opad med fx tre baser, hvad kan det så betyde?

6. Hvis diagonalen pludeselig går på den anden led, hvad tyder det så på?

Alignment øvelse 1:

Sekvens 1: TAAGAACCTC

Sekvens 2: TAAGATCCTC

LAV ET ALLIGNEMENT VED HJÆLP AF ET DOT PLOT. - Hvilken type mutation er der sket?

Alignment øvelse 2:

Sekvens 1: ACGTCGGCACCAGCT

Sekvens 2: CGTCGGCGACCACTT

LAV ET ALLIGNEMENT VED HJÆLP AF ET DOT PLOT.

Alignment øvelse 3:

Sekvens 1: TGGCTTGACG

Sekvens 2: TGGCTCGACG

Sekvens 3: TGGCTGCGTCG

a) Du skal prøve at aligne de tre sekvenser parvist, og komme med et bud på, hvem der er mest beslægtet.

b) kom med et bud på, hvilke mutationer der er sket, idet sekvens 2 antages at komme fra en fælles stamform.

BLAST ØVELSE:

 https://drive.google.com/file/d/1YLx6QmoAfiOYTjXb9ZVcReHAGQ0Q9i1L/view?usp=sharing