Yubio 2022, s. 1042-1045 (23.2.2 PCR)
Se videoen og besvar spørgsmålene om PCR
https://www.biotechacademy.dk/e-learning/biostriben/gymnasie/eksperimentelt_arbejde/
Gennemgå den virtuelle øvelse, for bedre at forstå principperne i PCR.
Eleverne arbejder i grupper, hver gruppe skal have:
Nogle primere
Nogle nukleotider
Saks
Tape
Brug en saks til at skære det dobbeltstrengede skabelon-DNA i to.
Dette repræsenterer højtemperaturdenatureringstrinnet (95°C) i PCR, som bryder hydrogenet bindinger mellem de to DNA-strenge.
Match primerne ved siden af deres komplementære sekvenser på den enkeltstrengede skabelon DNA og sæt dem på plads med tape.
Dette repræsenterer primer-annealing til template-DNA'et ved lavtemperatur-annealingstrinnet (55°C) i PCR.
Primer-annealingsstederne på skabelon-DNA'et er skyggelagt for at hjælpe i den første cyklus af aktiviteten – i fremtidige cyklusser skal i selv finde ammealingsstederne.
Forlæng nu sekvensen fra primerne ved hjælp af tape.
Dette repræsenterer virkningen af DNA-polymerase i 72°C elongeringstrinnet af PCR, som skaber en ny DNA-streng, der starter ved 3'-enden af hver primer, binder nye nukleotider der er komplementære til skabelonstrengen. Produktet er en dobbeltstrenget sektion af DNA med en streng lavet af det originale template DNA og den anden lavet af nysyntetiseret DNA.
I skal tilføje nukleotider i den rigtige rækkefølge, begyndende ved 3'-enden af primeren. Tilføj ikke alle af T'erne først, derefter As osv. - det er ikke sådan DNA-polymerase virker!
Det kan være nemmere først at lægge en lang strimmel tape ned og derefter klæbe de nye nukleotider fast på den.
Brug en saks til at skære de to nyoprettede strenge af dsDNA i halve.
Dette repræsenterer det andet højtemperaturtrin (95°C) i PCR, som bryder hydrogenet bindinger mellem DNA-strengene.
Match nye primere ved siden af deres komplementære sekvenser på de fire template DNA tråde og sæt dem på plads med tape.
Dette repræsenterer primer-annealing til template-DNA'et ved det andet lavtemperaturtrin (55°C) i PCR.
Der vil ikke være nogen skraverede primer-annealingssteder på det nyligt syntetiserede DNA – i skal selv finde annealingsstederne.
Forlæng ny sekvens fra primerne ved hjælp af tape for at vedhæfte hvert nyt nukleotid til tidligere nukleotid og skabelonstrengen.
Dette repræsenterer virkningen af DNA-polymerase i det andet 72°C forlængelsestrin af PCR, som skaber nye DNA-strenge, der starter ved 3'-enden af hver primer.
Brug en saks til at skære de fire nyoprettede strenge af dsDNA i halve.
Ved starten af cyklus 3 skal hver gruppe have otte enkeltstrengede DNA-molekyler - to af disse vil være den nøjagtige længde af mål-DNA-sekvensen.
Aktiviteten kan fortsættes, så længe det ønskes, men det er bedst at sigte efter at komme til mindst det første trin i cyklus 3, så eleverne kan se mål-DNA-sekvensen blive produceret.
Hvordan virker pcr-test for covid-19?
https://aktuelnaturvidenskab.dk/fileadmin/Aktuel_Naturvidenskab/nr-2/AN2-2021-covid-19-tests.pdf