Отдельные очаги сопротивления возникли только у областного военкомата (сейчас район ул. Дзержинского) и на Брестском вокзале. В военкомате несколько десятков бойцов и командиров с помощью стрелкового оружия и одного пулемета отчаянно отбивались от роты вермахта. Подавить оборону враг сумел противотанковыми орудиями, открыв огонь по окнам здания. Били прямой наводкой.

Брать под контроль вокзал немцам пришлось гораздо дольше. Дело в том, что оккупанты всячески старались сохранить железнодорожную инфраструктуру. 

Железнодорожный узел в городе тоже стремились взять по возможности без разрушений и повреждений. Вокзалом станции «Брест-Пассажирский» враг овладел примерно к 9-10 часам утра, однако рапортовать о полном захвате было рано. В первые часы в подвалах огромного здания укрылись пассажиры, в том числе военнослужащие, следовавшие в расположение своих частей, работники станции и милиционеры.

Гитлеровцы обратились к ним с требованием сдаться. После этого женщины и дети вышли из подземелья, а военнослужащие, вооруженные в основном пистолетами и револьверами, заняли оборону. Немцы бросали в подвал подожженные горючие материалы и гранаты, затем принялись заливать катакомбы водой из паровозных баков. Последние бойцы вышли из подвалов только 29 июня, когда уже был оккупирован Минск. Почти всех расстреляли на месте или отправили в концлагеря.

29 июня оккупанты применили против защитников Брестской крепости авиацию. Так, на Восточный форт было сброшено несколько десятков полутонных бомб и одна в 1800 килограммов. От взрывов детонировали боеприпасы на складе защитников, начался сильнейший пожар.

Но и после этого в крепости оставались немногочисленные группы советских бойцов, продолжавших сопротивление еще почти месяц. 

Все пограничные заставы на западной границе СССР оказали героическое сопротивление гитлеровским ордам. В историю вошла оборона не только Брестской крепости, но и 3-й пограничной заставы Августовского пограничного отряда, где бойцы под командованием лейтенанта Виктора Усова сумели отбить семь атак превосходящего по силам противника.

С мая 1943 года по городу начала работать советская дальняя авиация. В июле 44-го Брест как важный транспортный узел пережил несколько волн советских бомбардировок. Так, на станции «Брест-Северный» были уничтожены эшелоны с двумя пехотными дивизиями и переданными им артполками, которые должны были выдвинуться на линию Каменец–Пружаны. Там шли изнуряющие бои, и советским соединениям ценой больших усилий все же удавалось ломать оборонительные порядки врага.

Обескровленный, разрушенный город освободили войска 1-го Белорусского фронта 28 июля 1944 года, в ходе Люблин-Брестской операции. Отступая, гитлеровцы уничтожили железнодорожный мост. Советские саперы, работая круглосуточно, восстановили сообщение за две недели.