На восточном берегу Березины в районе Бобруйска ожесточённые бои продолжались ещё трое суток. Оборонительный рубеж Свислочь — Бобруйск — Паричи удерживали части 47‑го стрелкового корпуса, 121‑й стрелковой дивизии, курсанты автотракторного училища (заместитель начальника училища — полковник Д. С. Чупрыгин), дорожно-эксплуатационный полк (всего 3,7 тыс. человек) под общим командованием командира 47‑го стрелкового корпуса генерал-майора С. И. Поветкина. Их поддерживал 117‑й отдельный дивизион противотанковых орудий 68‑го стрелкового корпуса. Часть сил немецких 3‑й и 4‑й танковых дивизий Г. Гудериана 29 июня форсировала Березину в районе деревень Щатково и Доманово (к северу и югу от города), но была выбита с захваченных плацдармов. Штурмовой отряд советских воинов 30 июня переправился через Березину и занял Бобруйскую крепость, но, не получив помощи, вынужден был её покинуть. В районе Щатково 30 июня немецкие танки форсировали Березину по дну реки. Противник расширил плацдарм, переправил туда основные силы 3‑й танковой дивизии, мотопехоту и артиллерию и при поддержке авиации атаковал фланговые части советских войск. Под натиском намного превосходящих сил противника советские войска отошли от этого рубежа и 1 июля заняли оборону на р. Ола, позже отошли к г. Рогачёв.

Оккупанты создали в городе 4 лагеря смерти с восемью филиалами и отделениями, убили в городе и его окрестностях более 44 тыс. местных жителей (в т. ч. до 25 тыс. в гетто) и 40 тыс. военнопленных (см. Бобруйский лагерь смерти), 15 тыс. человек вывезли на каторгу в Германию. Накануне освобождения в июне 1944 г. в городе оставалось 28 тыс. жителей.

За время оккупации немецко-фашистские захватчики разрушили Бобруйск, все промышленные предприятия. Город стал важным опорным пунктом вражеской армии, где комплектовались и формировались воинские части, действовали органы карательно-разведывательных служб.

В городе и районе действовали: Бобруйское партийно-комсомольское подполье, Бобруйский подпольный межрайком КП(б)Б, Бобруйский подпольный райком КП(б)Б, Бобруйский подпольный межрайком ЛКСМБ, Бобруйский подпольный горком ЛКСМБ, Бобруйский подпольный райком ЛКСМБ; в районе — партизанская бригада 1‑я Бобруйская, партизанская бригада 12‑я кавалерийская имени И. В. Сталина, партизанская бригада «За Родину» имени А. К. Флегонтова, партизанская бригада 37‑я имени А. Я. Пархоменко, партизанский полк 537‑й, партизанский отряд 100‑й, партизанский отряд 225‑й, партизанский отряд 540‑й, партизанский отряд П. А. Дудаля, партизанский отряд «Храбрецы». Издавалась подпольная газета «Бобруйский партизан», орган Бобруйского подпольного райкома КП(б)Б.

Бобруйск освобождён 29 июня 1944 г. воинами 108‑й стрелковой дивизии (генерал-майор П. А. Теремов) 41‑го стрелкового корпуса; 23‑й (подполковник К. И. Бойко), 95‑й (полковник А. И. Кузнецов) и 108‑й (подполковник В. Н. Баранюк) танковых бригад; 8‑й мотострелковой бригады (подполковник П. И. Трушкин) 9‑го танкового корпуса 3‑й армии; 137‑й (генерал-майор Ф. Н. Жабрев) и 399‑й (генерал-майор Д. В. Казакевич) стрелковых дивизий 42‑го стрелкового корпуса; 217‑й (полковник Н. П. Массонов) и 102‑й (полковник М. П. Погребняк) стрелковых дивизий 29‑го стрелкового корпуса; 42‑го отдельного танкового полка (подполковник С. И. Тидеман); 713‑го (подполковник И. В. Васильев), 1890‑го (подполковник С. Ф. Балыков) и 1897‑го (подполковник М. Ф. Рыжанов) самоходных артиллерийских полков; 13‑й лёгкой (полковник Е. Е. Пухов), 59‑й пушечной (полковник А. И. Юргелевич) и 63‑й гаубичной (полковник К. А. Паппа) артиллерийских бригад 22‑й артиллерийской дивизии прорыва 48‑й армии; 354‑й (полковник С. А. Вдовин) и 356‑й (генерал-майор М. Г. Макаров) стрелковых дивизий; 115‑й отдельной стрелковой бригады (полковник А. Н. Волков) 105‑го стрелкового корпуса; 15‑й (полковник К. Г. Кожанов), 16‑й (полковник П. А. Лимаренко) и 17‑й (полковник Б. В. Шульгин) гвардейских танковых бригад; 1‑й гвардейской мотострелковой бригады (генерал-майор Г. Н. Филиппов) 1‑го гвардейского танкового корпуса; 354‑го гвардейского тяжёлого (майор Г. В. Волков) и 922‑го лёгкого (подполковник А. В. Соколов) самоходных артиллерийских полков 65‑й армии; 1‑й бригады речных кораблей (капитан 2‑го ранга С. М. Лялько) Днепровской речной военной флотилии; частями 8‑го истребительного авиационного корпуса (генерал-лейтенант авиации А. С. Осипенко) в составе двух авиационных дивизий; 6‑го смешанного авиационного корпуса (полковник М. Х. Борисенко) в составе истребительной и двух бомбардировочных авиационных дивизий; 3‑го бомбардировочного авиационного корпуса (генерал-майор авиации А. З. Каравацкий) в составе двух авиационных дивизий и 1‑й гвардейской истребительной авиационной дивизии (подполковник В. В. Сухорябов) 16‑й воздушной армии с участием авиации дальнего действия 1‑го Белорусского фронта в ходе Бобруйской операции 1944 г. Почётное наименование «Бобруйские» присвоено 20 воинским частям и соединениям, освободившим Бобруйск (см. Бобруйские воинские соединения и части).