تميز نشاط محمد عفيفي خلال التسعينات بعدة أوجه: 

• استمرار ألحانه لإذاعة الإسكندرية 

• الإسهام في الإشراف الفني على برنامج إحياء أوبريتات سيد درويش مثل العشرة الطيبة وشهرزاد وإعادة تقديمها على المسرح، وشمل نشاطه تدريب الفرق الموسيقية والغنائية وتدوين النوت الموسيقية 

• ازدياد معدل استضافته بالبرامج الإذاعية والتليفزيونية للإدلاء برأيه في مناسبات ذكرى كبار الفنانين مثل سيد درويش ومحمد عبد الوهاب وزكريا أحمد وأم كلثوم وفتحية أحمد، خاصة بعد افتتاح تليفزيون الإسكندرية عام 1990 

• نال جائزة درع سيد درويش تكريما له من وزارة الثقافة المصرية خلال الاحتفال بمئوية ميلاد سيد درويش عام 1992 بالإسكندرية الذي حضره رئيس هيئة قصور الثقافة حسين مهران، وعميدة المعهد العالي للموسيقى سمحة الخولي، والعديد من الفنانين منهم محمد نوح ومحمد داود

• سجل للقناة الخامسة عدة حلقات تليفزيونية حول مختلف الموضوعات الفنية، منها حلقات بعنوان "أرابيسك" وقدم له التليفزيون المصري ثلاثة برامج تسجيلية عن حياته وتاريخه الفني في 1998 و2002 و2003