La primera estación de San Fernando se situaba donde ahora está la soterrada San Fernando - Centro. Una antigua imagen muestra un vigilante y una locomotora de chimenea alta. A la derecha, el depósito de agua (aún existente) y junto a él, la casa del guardabarreras y el paso a nivel.
Andenes de la estación que fue demolida para el soterramiento del trazado.
La estación original sufrió varias modificaciones (visibles en las fotos adjuntas) antes de ser demolida en 2007 por las obras de soterramiento de las vías. Estas obras eliminaron el paso a nivel, que cortaba el tráfico y aislaba la población militar de San Carlos del resto de la ciudad. La estación de las fotos no era la primitiva, que era de madera.
Otra foto desde el andén principal (sentido Cádiz) muestra el muro del cuartel del Tercio de Armada y el antiguo "Callejón del gas". Por este callejón pasaba un ramal de vía para el transporte de carbón de coque, usado para producir gas de alumbrado. También había vías que comunicaban con la desaparecida Constructora Naval, detrás del Cuartel de Infantería de Marina.
La foto aérea de Ángel López muestra la antigua estación y la transformación de la zona: desaparición de edificios y huertas convertidas en calles, la demolición del patio de la maestranza, el paso a nivel junto al depósito de agua y el bar Las Delicias (Pasaje), parte de la Barriada España en primer plano, y el apartadero ferroviario a la fábrica de gas.
En la siguiente fotografía en color están señalados en verde los edificios del muelle de descarga de la estación. Una vía discurría desde la estación hasta dichos edificios, donde los vagones de mercancías descargaban, como se puede ver en la foto antigua que acompaña a este texto.
Estos terrenos se encuentran actualmente sin urbanizar entre las viviendas unifamiliares y el soterramiento de las vías, junto a la autovía que rodea San Fernando.
Imagen del antiguo paso a nivel que estaba provisto de puertas de madera en ambos lados. Al fondo podemos ver el Callejón del gas y el Bar Delicia del Pasaje, que se encontraba en la zona de San Carlos.