Tras la incorporación del castillo de Puntales a la Marina de Guerra, se edificaron nuevas instalaciones y muelles en sus inmediaciones. Anteriormente, en 1884, se construyó el "Muelle de Hierro" en un terreno militar cedido. Esto fue posible gracias a Salvador Viniegra, ejecutor del testamento de Diego Fernando Montañés. Una empresa belga lo levantó, basándose en el proyecto del ingeniero de caminos Antonio Sanz, con un coste de 1.388.899 pesetas.
El Muelle de Hierro, llamado así por su estructura y pilotes metálicos, fue construido por la empresa belga John Cockerill en solo diez meses. Se adentraba 700 metros en el mar para asegurar calado a los barcos. Estaba equipado con grúas y una vía férrea instalada por Ferrocarriles Andaluces que lo conectaba con la Segunda Aguada y la línea Cádiz - Madrid, siendo su función principal la carga y descarga de mercancías.
El Muelle de Hierro disponía de cinco grúas de vapor (una fija grande y cuatro móviles giratorias). Una red de tuberías suministraba agua para su funcionamiento, limpieza del muelle, abastecimiento a barcos y como sistema anti incendios, dado que el suelo era de madera.
El Muelle de Hierro disponía de cinco grúas de vapor (una fija grande y cuatro móviles giratorias). Una red de tuberías suministraba agua para su funcionamiento, limpieza del muelle, abastecimiento a barcos y como sistema anti incendios, dado que el suelo era de madera.
La modernización del muelle principal provocó la decadencia del Muelle de Hierro (o "Viniegra y Valdés"), que en 1924 solo cargaba tabaco. Por su deterioro y falta de mantenimiento, el Estado lo cedió a las "Rentas del Tabaco" en 1928.
El crecimiento de Puntales impulsó la mejora de sus accesos. La nueva vía férrea dividía la zona del resto de extramuros, por donde pasaba el nuevo camino del arrecife. En 1859, Juan Antonio Ruiz de Bustamante propuso un nuevo arrecife que uniera Puntales con San Fernando. El proyecto se retomó en 1861 y se reparó y reformó en 1867.
La construcción del Muelle de Hierro afectó a Puntales. El ramal ferroviario (1884), de Segunda Aguada al muelle, cruzó propiedades (Haynes, astilleros) y la población, fomentando nuevas empresas.
La construcción del muelle de Puntales fue concedida a Salvador Viniegra Valdés el 24 de marzo de 1881, financiada con fondos de Diego Fernando Montañés. La sociedad John Cockerill inició las obras en mayo de 1882 en el "paso de Puntales" con un coste de 1.388.859,56 pesetas. Una vez concluido, Viniegra intentó ofrecer su explotación a Andaluces, pero la testamentaría de Montañés lo entregó al Estado, que finalmente lo arrendó a Andaluces el 1 de diciembre de 1884.
El muelle de Puntales, con 210 metros y cinco vías, podía albergar hasta 60 vagones. Estuvo arrendado por la Compañía de Tabacos hasta 1926.
En la imagen aérea se aprecian los ramales que llegaban hasta Puntales. A la izquierda tras la torre de pisos se ve el ramal que venía paralelo a la zona industrial en la orilla de la bahía. Pasaba por delante de Construcciones Aeronáuticas para hacer un amplio giro que facilitaba el acceso a los depósitos de Campsa, a la central térmica y el cambio de vía para los depósitos de tabaco. También se puede ver el parque de vías de maniobras y aparcamiento de vagones existente junto a la central térmica. Más abajo se ve como aparece entre los bloques del Cerro del Moro otro ramal que venía directamente de la línea principal a la altura de Santo Tomás y enlazaba con el anterior. Existían varios pasos a nivel sin barrera ni más señalización que la vertical obligatoria. De todas formas la velocidad de los trenes era tan escasa que no producían más incomodidad que la espera al tránsito de composiciones habitualmente bastante largas.
En la foto se puede ver que las vías estaban en el centro de la calzada sin separación del tráfico rodeado ni peatones. Se observa cómo el asfaltado era muy mejorable así como la insuficiencia (o inexistencia) de alcantarillado, lo que provocaba frecuentes inundaciones que obligaban a los peatones a protegerse como pudieran de las salpicaduras para diversión por supuesto de la chiquillería.
Este ramal fue desmantelado antes del soterramiento como se puede ver en la foto del paso a nivel de Trille por el detalle del asfalto cubriendo sólo esta vía y no la principal.