FreeFem++ on ubuntu on Windows10 (2018-02)

Post date: 2017/12/23 0:19:43

Windows10 64 bit + ubuntu (旧 bash on ubuntu on Windows) に FreeFem++ をインストール

1. Windows Subsystem for Linux (WSL) と ubuntu のインストール
   1. プログラムと機能 -> Windows の機能の有効化または無効化
      1. Windows subsystem for Linux を有効化
      2. 再起動
   2. Microsoft Store から ubuntu をダウンロード
      1. installで少々時間が必要
      2. username, password を入力

1. 準備
   1. $ sudo dpkg-reconfigure tzdata # Time zone 修正
   2. $ sudo apt-get update
   3. $ sudo apt-get upgrade
   4. $ sudo apt-get install build-essential gfortran gnuplot unzip m4 bison flex
   5. $ sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev freeglut3-dev libopenblas-dev libfftw3-dev
   6. $ sudo apt-get install libatlas-dev # ubuntu 18.04 では libatlas-base-dev
   7. $ vi .bashrc export DISPLAY=localhost:0.0
2. freefem++ install
   1. $ wget http://www.freefem.org/ff++/ftp/freefem++-3.59.tar.gz
   2. $ tar zxvf freefem++-3.59.tar.gz $ cd freefem++-3.58
      • 標準(hpddm無し)
        1. $ ./configure --enable-download
        2. $ download/getall -a # 必要なファイルを先にダウンロード
        3. $ make | tee make.out # about 40 min on my DeskTopPC
        4. $ make check XFAIL: PARDISO.edp, gsl.edp, lame-TD-NSS.edp, lapack.edp
        5. $ sudo make install
      • hpddm付き
        • /usr/local/ff-ptesc があったら消しておく ( $ rm -rf /usr/local/ff-petsc )
        • PATHでスペースがあると reconfigure で失敗する?
          • $ ./reconfigure ./reconfiure : 5: export: (x86)/Intel/iCLS: bad variable name など
            • PATH中の空白でエラー ※最初の configure の前に PATH 設定変更が必要
        • NotePC (ThinkPad X250)だと、make petsc-slepc で2時間以上、後半の make で1時間弱かかります
          1. $ sudo apt-get install git cmake python
          2. $ sudo apt-get remove liblapack3 # 不要かも
          3. $ export PATH=/home/XXX/bin:/home/XXX/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin # 必要なものだけに限定(XXXはユーザ名に変更)
          4. $ ./configure --enable-download $ cd download/ff-petsc
          5. $ make petsc-slepc SUDO=sudo # 2時間以上かかる場合があります
          6. $ cd ../..
          7. $ ./reconfigure $ download/getall -a # 必要なファイルを先にダウンロード
          8. $ make
          9. $ make check
          10. $ sudo make install
3. examples
   • DDM-Schwarz-Lame-3d.edp (mpi)
     1. $ cd examples++-mpi
     2. $ ff-mpirun -np 4 DDM-Schwarz-Lame-3d.edp
   • diffusion-2d-PETSc.edp (hpddm)
     1. $ cd examples++-hpddm
     2. $ ff-mpirun -np 4 diffusion-2d-PETSc.edp
4. [option] Windows Xserver install
   • VcXsrv
   • FreeFem++ での描画前に起動しておくこと

TIPS

• bash on ubuntu on windows の uninstall : Microsoft Store 版へ入れ替えする場合 (ref)
  • 管理者用 PowerShell を開いて、
    • \> lxrun /uninstall /full /y
• マウスでコピー＆ペースト (ref)
  • ウィンドウタイトルバーで右クリック
  • メニューから編集
• PETSc (ref)
  1. $ sudo apt-get install git cmake python
  2. $ cd download/ff-petsc
  3. $ make petsc-slepc SUDO=sudo ... Makefile:108: recipe for target 'petsc-3.8.0/tag-conf-real' failed
  • /usr/local/ff-petsc が存在したら，一度消しておく
• ubuntu on Windows のインストール先が変更
  • c:\Program Files\WindwosApps\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows へ（アクセス不能）
  • c: は ubuntu では /mnt/c でアクセス可能
    • My Documents 内のファイルへのアクセス XXXX をカレントディレクトリにコピー (_UserName_ は Windows ユーザ名に変更) $ cp /mnt/c/Users/_UserName_/Documents/XXX .
• Screen editor は軽い leafpad がおすすめ
  • $ sudo apt-get install leafpad