FreeFem++ on ubuntu on Windows [2017-01-04]

Post date: 2017/01/04 3:54:59

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FreeFem++-mpi を ubuntu on Windowsで起動するために試してみました．何となくネットワークが不安定ですが，FreeFem++-3.50 が動きました．仮想化せずに動くので軽快です．

1. プログラムと機能 -> Windows の機能の有効化または無効化
   1. Windows subsystem for Linux (beta) を有効化
   2. 再起動
2. スタートメニュー : 設定 -> 更新とセキュリティ -> 開発者向け
   1. 開発者モードへ (警告が出る)
   2. 「一部の機能は再起動。。。」(しばらく「開発者モードのパッケージを検索」している場合は放置)
   3. 念のため再起動
3. スタートメニュー : W -> Windowsシステムツール -> コマンドプロンプト起動
   1. bash
   2. ubuntu のインストールを確認されるので、"y" でダウンロード開始、ファイルシステム展開
   3. User 名、Passwd 入力 (Windows と違ってOK)
4. SSH server の停止（開発者モードにすると SSH サーバがインストール、起動されるので、不要なら停止）
   1. コントロールパネル -> システムとセキュリティ -> Windowsファイアウォール -> 許可されたアプリ
      1. 「設定の変更」でSsh Server のチェックを外す
   2. 「サービス」を起動
      1. SSH Server Broker と SSH Server Proxy のプロパティを開き、停止、無効化
5. ubuntu 上の設定
   1. "Bash on Ubuntu on Windows" を起動
   2. $ hostname # ホスト名の確認
   3. $ sudo vi /etc/hosts # 127.0.0.1 localhost _HOSTNAME_ を追記
   4. 必要なら日本のサーバへ変更
      • $ sudo sed -i.bak -e 's%http://.*.ubuntu.com%http://ftp.jaist.ac.jp/pub/Linux%g' /etc/apt/sources.list
      • または
      • $ sudo sed -i.bak -e 's%http://.*.ubuntu.com%http://jp.archive.ubuntu.com%g' /etc/apt/sources.list
6. Install
   1. $ sudo apt-get update
   2. $ sudo apt-get upgrade
   3. $ sudo apt-get install build-essential gfortran gnuplot openmpi-bin libopenmpi-dev libatlas-dev m4 bison flex freeglut3-dev
   4. $ vi .bashrc
      1. export DISPLAY=localhost:0.0
7. Xserver 導入
   • VcXsrv Windows X Server
   • Xming X Server
8. FreeFem++ 導入
   1. $ wget http://www.freefem.org/ff++/ftp/freefem++-3.50.tar.gz
   2. $ cd freefem++-3.50
   3. $ ./configure --enable-download
   4. $ download/getall # 何回か繰り返して，全てダウンロードしたことを確認 (blas.tgz の MD5エラーは無視)
   5. $ make | tee make.out
      1. download/mumps-seq/MUMPS_5.0.2/src/mumps_static_mapping.F のコンパイルで失敗したら，download/mumps-seq/Makefile-mumps-5.0.2.inc の TYPO を修正し，make clean して再度実行
         1. INCSEQ = -I$(DOWNLOADFF)/mumps-seq/MUMPS_5.0.1/libseq LIBSEQ = -L$(DOWNLOADFF)//mumps-seq/MUMPS_5.0.1/libseq -lmpiseq$(PLAT) -> INCSEQ = -I$(DOWNLOADFF)/mumps-seq/MUMPS_5.0.2/libseq LIBSEQ = -L$(DOWNLOADFF)//mumps-seq/MUMPS_5.0.2/libseq -lmpiseq$(PLAT)
   6. $ sudo make install
   7. $ cd example++-mpi
   8. Test run : 例えば$ ff-mpirun -np 4 DDM-Schwarz-Lame-3d.edp (タスクマネージャーを起動しておくと 4 プロセス動いていることが確認できます)

注意：

• ubuntu on Windows について
  • サーバとしての環境ではなく、開発環境であることに注意
  • bash on ubuntu がたまにハングアップすることあり
  • Virus check ソフトによるネットワーク遮断あり
    • download 中のみ Virus check ソフトの「ネットワーク脅威防止」の停止が必要になる場合あり (SymantecEndpointProtection では度々遮断されていた)
    • Firewall ルールの設定で該当サーバへの通信(できたらポートも制限)を許可することで対応可能（要注意） [参考: Symantec Endpoin Protection でアプリケーション（bash.exe）に対してFW許可したい]
  • ファイルは “%LocalAppData%\LxSS” 以下にある(フルパス直打ちすると Windows 側から見れる)
• 開発者モードにすると SSH server がインストールされ、起動されるので、できるだけ停止（Windowsアカウントでログインでき、セキュリティ的にはやや怖い）
• FreeFem++-3.50
  • download/getall した際に blas.tgz で MD5 エラーが起きる -> libatlas を利用 (2017-01-04現在)
  • mumps-seq (MUMPS の sequential 版 library) コンパイル時に、ソース内で mpif.h 等が呼ばれていることを考慮していないためにエラー発生
    • download/mumps-seq/Makefile-mumps-5.0.2.inc の TYPO (上述)

Ref:

1. Bash on Ubuntu on Windows (Microsoft Developer Network)
2. Bash on Ubuntu on Windowsをインストールしてみよう！
3. Cygwin絶対殺すマン ～物理のオタクがWindows Subsystem for Linuxで数値計算できるようになるまで～
4. Windows 10のBash on Ubuntu on Windows環境を初期化／再インストールする
5. Bash on Ubuntu on Windows とX Windowの組み合わせで日本語表示と日本語入力
6. Bash on Ubuntu on Windowsとは？ そのインストールと使い方