Embedded Files
背景
bem.fif (いわゆるBEMモデル)を使うとsphereモデルより概ね推定精度が上がる(脳の形をそのまま使うか、球で置き換えるかなので脳の形を使う(BEMモデル)の方がよいというのはさもありなんな話である)。
背景続き：bem.fif、-bem-sol.fifとは?
bem.fifはMRIから脳の形を抜き出して保存される。BEMモデルの情報。
bem.fifは通常の作業の流れだと2つある(名前-bem.fifか名前-bem-sol.fif)。
-bem.fifと-bem-sol.fifの違い
-bem-sol.fifは-bem.fifにgeometry dependent solutionの情報が付加されている、ということで意味不明。
BEMモデルの情報という点では-bem.fif、-bem-sol.fifいずれでも使える。
-bem.fif(-bem-sol.fif)はnasionとかの情報は基本入っていない
bem.fif(-bem-sol.fif)はMRIから変換されるが、MRIのデータにはどこがnasionで、とかいうことは含まれてないので、人の目でここがnasionで、というのを指定する作業が必要。そうしないとMEGのデータとの位置合わせができない。
背景続き：座標系は通常意識するのは2種類
MRIの座標系はMRI coordinate
nasion, LPA, RPAから決まる座標系がhead coordinate (たぶん)
作業の流れにより-bem.fif(-bem-sol.fif)にhead coordinateが入っているかが変わる(!)。
背景続き：BEMモデルを使うソフトの対応状況
各解析ソフト毎に-bem.fif(-bem-sol.fif)にhead coordinateが含まれている必要性が変わる。
BEMモデルを使うneuromagソフトはxfit (source modeling: ダイポール推定のソフト)とbeamformer
xfitは-bem.fif(と-bem-sol.fif)にhead coordinateが入ってなくても作業中にhead coordinatを取り込むことが可能。
-> -bem.fif (-bem-sol.fif)はMRI coordinate、head coordinateいずれでも作業可能
beamformerは作業途中でhead coordinateを取り込むことはできない(たぶん)。
-> -bem.fif (-bem-sol.fif)はhead coordinateでなくてはならない
背景続き：xfit、beamformerそれぞれの-bem.fif(-bem-sol.fif)の作成の流れ
1. xfit
xfitは脳幹込みのBEMモデルでよいので、基本DICOMデータからスクリプトで-bem.fif(-bem-sol.fif)まで作成できる。
少々計算時間はかかるが(30分くらい?)作業の手間は少ない。
＊この作業ではhead coordinateは含まれない(=MRI coordinate)
-> xfitでhead coordinateの情報を取り込むのはMEGファイルのオープンの時
2. beamformer
beamformerは-bem.fifを作るとき脳幹を外すよう指定してある。どのくらい必要度が高いかは不明(マニュアルには脳幹が残っている)。
脳幹を外すのに手間がかかる。
また繰り返しになるが、-bem.fif(-bem-sol.fif)はhead coordinateでなくてはならない。
余談：ここで作成した-bem.fif(-bem-sol.fif)はxfitでも使用できるはず。
Beamformer用-bem.fif (-bem-sol.fif)作成作業の流れ
MRIからseglabで脳の形のメッシュ(.mesh)を作成して、xfitで-bem.fif、-bem-sol.fifに変換する。
＊-bem-sol.fifはhead coordinate、-bem.fifは作業の流れによりhead coordinateまたはMRI coordinateになる
-> 基本-bem-sol.fifを使っておけばok
MRIからseglabで脳のメッシュを作成する手順
1. 脳のMRI (COR.fif)を読み込む
2. 脳MRIから脳表を切り出す
3. meshで保存する。
2. の作業を人力(seglabマニュアル参照)でするか、半自動化するかはお好みで。
人力では作業時間が2時間くらい
半自動化の場合は実作業時間は20分くらい。
どこでhead coordinateの情報を取り込むか
1. seglabで読み込むMRI (通常COR.fifかCOR-日時.fif)にhead coordinateを取り込んでおく
COR.fifにhead coordinateを取り込む方法は2つ
1-1. mne_analyzeを使う
1-2. MRIlabを使う
meshを作った後、File-save as meshの画面でcoordinateがheadを選択できるようになる
2. xfitでmeshから-bem.fif (-bem-sol.fif)を作るときに取り込む
=seglabで.meshを保存するときMRI coordinateで保存した場合
xfitでestimates- prepare new bem modelで作業
.meshはMRI coordinateなのでhead coordinateを含むCOR-日時.fifを選択してprepareを押すと-bem.fifと-bem-sol.fifが
/neuro/databases/bemに保存される。
-bem-sol.fifを使用する。
推奨する段取り
1. xfit
dicomからmne_setup_forward_modelで-bem.fif (-bem-sol.fif)を作成しxfitのMEGのファイルオープン時にhead coordinateの情報を取り込む
-bem.fif、-bem-sol.fifがMRI coordinateだと計測ごと使い回しができる。
2. beamformer
(1). 半自動で脳幹のないCOR.fifを作成
(2). seglabで.meshに保存(MRI coordinateで)：この.meshは計測ごとに使い回しができる。
(3). xfitのprepare new bem modelでhead coordinateを取り込み-> -bem-sol.fifを使う
Page updated
Google Sites
Report abuse