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いろいろneuromag
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personal memo
1 neuromag全般(MNEとかも)
* maxfilterのmaxmoveができなくなっている・・・
＊beamformer関係：複数のバーチャルセンサーの座標を含んだ.ptsファイルを作る
MEG head coordinateをtalairach coordinateに変換したいとき
＊beamformer関連：brainstemなしのBEMを作る
*beamformer用のBEMを作る(ちょっとお手軽に)
*seglabで脳幹なしのfifを.meshにする(mneのtutorialより)
1DCM2T1.sh
2skullstrip_T12brainmask.m
3recon_all_rest.sh
4aseg2nostem_mri.m
outer-skin.surfがあるときの段取り
スクリプトの設定部分の説明
余談 bemが正しく位置合わせできているか確認する方法
最初からfreesurferの処理をするとき
段取り2: mne_analyzeでhead->MRI 位置合わせ
＊環境変数（＄なんとか）の設定のしかたとか
＊beamformer関連：複数のファイルから同じイベントのエポックを1まとめのfiffにする
＊dicomからXfitに必要なbem-sol.fifとかを早く生成する
*xfitのMEGでbemモデルを使いたいとき
＊freesurferで小児の小さな脳がうまく処理できないとき
＊freesurfer関連：inflatedでのvertexとかlabelがどのareaか知りたいときは?
＊freesurfer関連：recon-allがうまくいかなかった(talairachなんとかかんとか)
＊graphでフィルタ(特にnotch filter)をかけたいとき
＊maxfilterをかけるコマンド
maxfilterでノイズが増える理由の1つ：移動距離が大きい、の説明
＊MNE: $SUBJECTS_DIRとか$SUBJECTてなに？それは環境変数といいます
＊mne_analyzeのshow viewerで耳がわかりにくいとき
＊mne_browse_rawでトリガーが見えない
＊MNEで使うMRIの処理の基本
MNEで使うMRIの処理（コメントなし）
＊MNE：vertexの数
＊neuromagのフォントがおかしいときは
＊neuromagソフトのbem.fifの座標系(coordinate system)まとめ
＊SSHでmne_analyzeなど起動するときdesired visuals not foundと出たら
＊talairachの座標からinflated上のvertex番号を探す
＊インストール時のトラブル
＊ライセンス関係
＊耳介前点の場所
2 PythonとかPsychopy
* MNEとか使っていて'QString'云々みたいなエラーで動かない時
64bit Winodowsのpsychopy(standalone版)上でパラレルポートを叩くために
Psychopyで音を出したい：jitterが減るように
3 Matlab関係
* matlabでfiffファイルを読み書きするとデータが完全には一致しない
*matlabからfreesurferを呼び出しても走らないトラブル
＊CSVのヘッダーの一覧を取り出す
＊Fieldtrip
*fieldtripでのMRIの処理の流れ(理解は不十分ですが)
＊fifファイルを読み込んでdata.gradの情報が取り出せないことがある
＊Fieldtrip: Planarをcombineする方法
＊plot(figure)から座標の点をマウスで取得
＊Rでrepmat
＊subplotでたくさんplotした図に大見出しをつける
＊tactile stimulatorの刺激パターンを作る
＊windmillパターンの画像を作る
＊μVの表示
＊インストールでこけたら(Linux版での話)
＊デモ用ムービーを作る
＊刺激画像のグレーレベル、コントラストを調節する
＊日本語が表示されるようにする(途中)
4Linuxがらみ
* Disk Management(LVM)
*nVidiaのメーカーのドライバを入れる
*WindowsからNFSに接続する(アクセス拒否を回避する)
＊.mスクリプトをダブルクリックしてmatlabで開く
＊firefoxが起動できない
＊linuxからlinuxへリモート接続(SSH)
＊LinuxからWindows（NAS)に接続する
＊teratermでLinuxに接続できないときは?
＊WindowsからLinuxにリモート接続
＊yumでError: no such table: packagesとでたら
＊ディスクのチェック
＊バックアップのお作法(rsync)
＊ランレベル 3(コマンド入力のレベル)で起動したいとき
＊ログの見方
＊共有ドライブ・フォルダ(NFS関係)
＊環境変数（$SUBJECT)とか指定のしかた
＊起動時画面が出ない（nvidiaビデオカードドライバ、カーネルモジュールのトラブル）
5 Presentation (neurobehavioral systems)
スクリプト
ライセンス関係
＊Windowsのデュアルブート
＊動画に画像を重ねて表示したい
＊動画の切替時のちらつきが気になったら
＊動画を使うとき注意すること
6 バックアップ(Freenas, VVault on Windows)
＊linuxでデータのコピー(rsync)
7 RapidForm関係
import vivid file and rotate
Files
script
いろいろneuromag
＊neuromagのフォントがおかしいときは
yum install xorg-x11-fonts*でいろいろフォントを入れると改善する
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