4aseg2nostem_mri.m

ファイルはここ

aseg.mgzとbrainmask.mgzから脳幹を外したmriを作る(nostem.mgzとnostem.fif)

！fiffのmriが後の処理に使えるかどうか不明

黄色の部分を適切に書き換えれば走ると思われる

%% aseg.mgz and orig.mgz kara beamformer no mri wo tsukuru

ft_defaults;

%% aseg.mgz no yomikomi

workDir='/misc/raid1/hoge/mri';%brainstem.mgzとaseg.mgzのあるディレクトリ

cd(workDir);

mri=[];

mri.aseg=ft_read_mri('aseg.mgz');

cfg=[];

cfg.interactive='yes';

%figure;ft_sourceplot(cfg,mri.aseg);

%% mri no mask wo henkou

vecDel=[7 8 15 16 28 46 47 60];%小脳、脳幹の割り当て番号

mri.mod=mri.aseg;

arrMRI=mri.mod.anatomy;

for ii=1:length(vecDel)

arrMRI(arrMRI==vecDel(ii))=0;

end

arrMRI(arrMRI>0)=1;

mri.mod.anatomy=arrMRI;

%figure;ft_sourceplot(cfg,mri.mod);

%mri.orig=ft_read_mri('orig.mgz');

mri.brainmask=ft_read_mri('brainmask.mgz');

%figure;ft_sourceplot(cfg,mri.brainmask);

mri.nostem=mri.brainmask;

mri.nostem.anatomy=mri.brainmask.anatomy.*mri.mod.anatomy;

%figure;ft_sourceplot(cfg,mri.nostem);

%%mgz de hozon

cfgVl = [];

cfgVl.filename = 'nostem';

cfgVl.filetype = 'mgz';

cfgVl.parameter = 'anatomy';

ft_volumewrite(cfgVl, mri.nostem);

%%mne no command de mgh wo fif ni henkan

!mne_make_cor_set --mgh nostem.mgz --out nostem.fif