段取り2: mne_analyzeでhead->MRI 位置合わせ

余談: bemが正しく位置合わせできているか確認する方法

MEGのLAP,RAP,nasionとMRIの対応する点を合わせてhead->MRIの位置を対応付ける作業が必要。

fifファイルにhead->MRI transfer matrixとして保持される。

2-1. mne_analyzeを開く（段取り2のスクリプトがちゃんと動いていれば、既に開いているが、こっちから来た人は端末でmne_analyze &と入力しましょう）

$SUBJECTS_DIRと$SUBJECTの設定が必要だが、これもmne_analyzeが開いて入れば、

(スクリプトがちゃんと動いていることになるので）設定済み。echo $SUBJECTS_DIRとかして確認しとくのが吉

2-2. file-load surfaceでsurfaceを選ぶ。inflatedとかなんでも可。$SUBJECTで設定したサブジェクトのものを選ぶ。

2-3. file-load digitizer dataでMEGのデータ(digitizerでnasionとかLAP, RAPを入れた情報が含まれる)を選択

2-4. view-show viewerで脳とか皮膚とか表示される。viewerの図

optionで半透明(transparent)とか、digitizer表示のon/offをチェックボックスで決められる。

この図のように外耳口がわかりにくいと思ったら、後からでも多少改善可能です。

やり方はここ。

2-5. adjust-coordinate alignmentで画面が1つ増える：位置合わせ

右半分は2-4で開いたviewer。digitizerのデータが色つきで表示されている。

左半分がadjust coordinate alignmentで出てくる画面。

2-6-1. LAP、nasion、RAPをviewerのskinを見ながら決める。

2-6-2. align using fiducialsで大まかに合わせる。

2-6-3. ICP の回数(steps)を10-20くらいで決める。20以上は多分あまり効果なし。

2-6-4. ICP alignを走らせる。点が小さくなって誤差が減るのを確認。

2-6-5. オプションだが：Omitをクリックして5-10 (mm)くらい以上離れた点を位置合わせから外す

2-6-6. ICP alignをもう一度

2-6-7. mne_analyzeを立ち上げた端末に誤差が出てくる. 1.0 mmくらい以下を目安に2-6-3～2-6-5を繰り返す

2-7. save defaultをクリック：＊＊-trans.fifみたいな感じで保存される。

save defaultにすればMEGの計測データと同じディレクトリにMEG-MRIの位置情報(-trans.fif)が保存されるので、吉

save MRI setだと$SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/T1-neuromag/sets/COR-日付時刻.fifみたいな感じで保存される(<- 非推奨: どのMEGデータの位置情報を持っているかわからなくなりやすい)

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2-8. MRIlabとかでちゃんとfifが表示されてるか、landmarkがそれらしいところに来てるか確認。

file-import-isotrack dataでMEGのデータを選ぶとdigitizerの位置が表示される(脳と離れてるといった見た感じが参考になる程度だが）

おしまい。