＊MNEで使うMRIの処理の基本

MNEで使用するMRIの処理はfreesurferを主に使いますが、とりあえずこんだけというのをまとめました。

以下はコメントをたくさんつけてますので、通常使用するときは

    1. こちらのリンクの中身（コメントなしでスクリプトのみ記述してます）をgedit等に貼り付けて

    2. 最初の３行（SUBJECTS_DIR, SUBJECT, DICOM_DIR)の右辺を変更して

    3. terminalにコピペ

すれば走ると思います。

トラブルになりやすいネタとしては

    1. 環境変数のディレクトリ(具体的には$SUBJECTS_DIR)の最後に”/“をつける（実行するときに”/“をはさんでるので$SUBJECTS_DIR//$SUBJECTみたいに２つ重なってエラーになる)

    2. dicomのディレクトリにdicomのファイル以外が混じっている（dicomのファイルは通常連番になっているので、それでdicomとそうでないファイルを判断できると思います）

    3. dicomのディレクトリを$SUBJECTS_DIR/$SUBJECTの中に置いている(スクリプトの途中で$SUBJECTS_DIR/$SUBJECT以下のディレクトリを作るので、既にディレクトリがあるとエラーを返す

くらいが主だと思います。

    1. 最近dicomのフォーマットでfreesurferが対応してないものがあることがわかりました。フォーマットをmricronあたり使って別のファイル形式に変換して処理に持っていくのがよさそうです。

もう少し説明を聞きたい方は声かけてください。

## 下準備(環境変数の設定) export SUBJECTS_DIR=/data_wo_matometa_drive/MRI_wo_matomeru_directory #注意："/"を最後つけない export SUBJECT=hikenja_no_namae #注意：ここの最後に"/"をつけない export DICOM_DIR=/dicom_no_aru_directory # 例：/net/raid0/mnt/share/hikenja/dicom # 以下基本変更なし# データを入れるディレクトリをまとめて作る(mriとかT1とかbemとかsurfとかorigとか) mksubjdirs $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT # freesurferのコマンド # MRIのdicomデータのあるディレクトリからdicomをコピーcd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/T1

cp -pR $DICOM_DIR/* ./ # dicomファイルの名前を1個とってくる(dicomは通常２００枚くらいある） MRIFILE=(*) # 約200枚のdicomを001.mgzに変換 mri_convert $MRIFILE $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/orig/001.mgz # freesurferのコマンド # ファイルの出来具合を確認したいときは下# tkmedit $SUBJECT $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/orig/001.mgz & # MRI画像から脳と骨を分離する。丸1日程かかる recon-all -all -subject $SUBJECT

##### ここからMNEのツール(anatomical informationの項)を使った作業

# bem/ <subject> -head.fifを作る: 骨、皮膚、脳を分けたfifということか cd $SUBJECTS_DIR# 注：bem/watershedが既にあるとエラーが出て止まるので、# オプション--overwriteつけるか/watershedを削除して再実行 mne_watershed_bem --subject $SUBJECT # 参照(http://martinos.org/mne/stable/manual/appendix/bem_model.html#id1)# COR.fifを作る (COR.fif: MRIの3Dデータのfifファイル) mne_setup_mri --subject $SUBJECT --mri T1 # ここでbem/に ・・-oct-6-src.fifができる. mne_setup_source_space --subject $SUBJECT --ico -6 # シンボリックリンクを張る(bemディレクトリにinner_skull.surfとかができる)cd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/bem ln -s watershed/"$SUBJECT"_inner_skull_surface inner_skull.surf ln -s watershed/"$SUBJECT"_outer_skull_surface outer_skull.surf ln -s watershed/"$SUBJECT"_outer_skin_surface outer_skin.surf # volume conductor model(電流が流れる範囲(脳(+皮膚、骨)と伝導率のこと?)を決めてるようです.# bem/に -bem-fif, -bem-sol.fifができます mne_setup_forward_model --subject $SUBJECT --surf --ico 4 # 151113 --homogを削除：single shell -> 3 shellになるはず# 参考(http://martinos.org/mne/stable/manual/cookbook.html#cihdbfeg) この辺 # 参考2( http://goo.gl/LSSGNb) 3-shellとか1-shellとかの説明のようです # ここまででMRIの処理は概ね終了 (残りはMEGデータとの座標合わせ(coregistration)とか、# MEGのデータが必要)

次にやるべきはMRIとMEGの位置合わせ(ここに記述あり)