＊Fieldtrip

*********** MRIの処理の流れ(リンク) *************

***** data.gradとかがとれないことがある(ft_preprocessing, ft_read_header, etc)****

**** ft_timelockanalysisのcfg.blcはたぶん意味がない,のでマニュアルにない(exampleには出てくる)****

cfg.blc='yes';

cfg.blcwindow=[-0.1 0];

はcfg.baselineをセットしているのと同じらしい

参考：ttp://fieldtrip.googlecode.com/svn-history/r839/trunk/ft_timelockbaseline.m

**** fieldtripとmneのmatlab toolboxでfiffファイルが読み込める。一応同じ値が返ってくることを確認したので、そのスクリプト

**** fieldtripは内部でmneを使ってるぽいので(mneがあるときは)当たり前か

sFnamein='hogehoge.fif';% 入力するファイルの名前

% fieldtrip

cfg.dataset=sFnamein;

strDataFT=ft_preprocessing(cfg);

matDataFT=strDataFT.trial{1}; %matDataFTがデータ：MEG,EEG,トリガーのすべてのデータが含まれる

% mne

strHdrInfoMNE=fiff_setup_read_raw(sFnamein);

[matDataMNE vecTimesMNE]=fiff_read_raw_segment(strHdrInfoMNE);%matDataMNEがデータ

%subtract

subtr=max(max(abs(matDataMNE-matDataFT)));

%subtr=0だったら同じ数値になっているということ

基本的に0が返ってきて当たり前と思われるが一応確認した。

*** ft_volumerealignの座標系(mriから脳を切り出してvolume conduction model(=head model)なんか作るときに使う*****

cfg.coordsys='tal'だったらa,p,zを指定

cfg.coordsys='ALS_CTF'だったらl,r,nを指定

cfg.coordsysを指定しなかったら、cfg.method='interactive'にしてl,r,nを指定すればctfになる

cfg.coordsys='ctf'はどうもだめっぽい

cfg.coordsysには'neuromag'もある。ft_volumerealignのhelpを参照

cfg.coordsys = 'ctf' (default when specifying cfg.method = 'interactive' or 'fiducial') or 'spm' (default when specifying cfg.method = 'landmark'). Specifies the coordinate system of the head. This string specifies the origin and the axes of the coordinate system. supported coordinate systems are: 'ctf', '4d', 'yokogawa', 'neuromag', 'itab' 'spm', 'tal'.

***** 適当なエリア(amygdalaとか)のmaskを作るためのスクリプト*********

%% mriのロード. talでのrealign

cd('mriのデータ(チュートリアル参考)のあるディレクトリ');%mri.matのあるディレクトリ

load mri;

cfgRlgn=[];

cfgRlgn.method='interactive';%cfgRlgn.coordsysとかセットしているとうまくいかない

mri_realign_tal=ft_volumerealign(cfgRlgn,mri);%a,p,zをセット

%mri_realign.coordsys='RAS_TAL'になっているのを確認

%% mask情報を抽出:例 amygdala

cd('ここではaal_MNI_V4.imgのあるディレクトリ');%aal_MNI_V4.imgのあるディレクトリ

cfgVolLkup=[];

cfgVolLkup.atlas='aal_MNI_V4.img';%どっかのサイトから落としてくるテンプレートのファイル. afniかWFU atlases.これはWFU

cfgVolLkup.inputcoord='tal';%'tal'か'mni'か。mriのデータの座標系.ft_volumerealignでRAS_TALになるのでたぶんtal

cfgVolLkup.roi='Amygdala_L';%ft_read_atlasで上のaal_MNI_V4.imgから読み込んだラベルの1つ

%余談：ラベルは

%[atlas] = ft_prepare_atlas('aal_MNI_V4.img');

%のあとatlas.descr.nameで一覧できる

% 参考:fieldtripのチュートリアル(fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_can_i_determine_the_anatomical_label_of_a_source)

mask=ft_volumelookup(cfgVolLkup,mri_realign_tal);

%% ctf座標系でrealign

mri_realign_ctf=ft_volumerealign(cfgRlgn,mri);%l,r,nをセット:mri_realign_talをrealignしてもよいっぽい

%mri_realign_ctf.coordsys='ALS_CTF'になっているのを確認

%% ctf座標系のmriにmaskを付加

mri_realign_ctf.mask=mask;

mri_realign_ctf.seg=(mri_realign_ctf.mask)>0;%maskは0か1

%% 表示

cfgMRIplt=[];

cfgMRIplt.interactive='yes';%マウスでいろいろ場所を変えられる

cfgMRIplt.funparameter='seg';%上のmri_realign_ctf.segのsegのことだと思うので'mask'でもよいかも

cfgMRIplt.funcolormap='jet';%てきとー

cfgMRIplt.funcolorlim=[0 2];%色がほどよくなるよう上のjetと組み合わせて

cfgMRIplt.opacitylim=[0 1.5];%よくわかってない

ft_sourceplot(cfgMRIplt,mri_realign_ctf);%maskで決めた領域にmaskがかかっているか確認

*** 上のつながり:maskの1になっている座標をとってくる****

%% maskのデータの座標をとってくる

%% =3次元のmatrixから1の値の座標をとってくる

%% ここではsize(mask)=[255 255 255]

[nXsize nYsize nZsize]=size(mask);%nZsizeはいらないが

vecMask=find(mask);

nZ=floor((vecMask-1)/(nXsize*nYsize))+1;

nY=floor(mod((vecMask-1),(nXsize*nYsize))/nXsize)+1;

nX=mod((vecMask-1),nXsize)+1;

%nX,nY,nZがそれぞれの座標のベクトル

vecMaskValue=[];%実際に求めた座標の値が1になっているか

for ii=1:length(vecMask)

vecMaskValue(ii)=mask(nX(ii),nY(ii),nZ(ii));

end

% vecMaskValueが全部1になっているのを確認

*** beamformerとかでsource(脳)に落としたデータに時系列情報があるか?*******

Data at the source level usually has a single scalar value for each source location or voxel.

とあるので、普通はだめぽい

追記：It is possible to reconstruct the timecourses of sources in the brain using virtual channels. FieldTrip does not have functions that can plot that type of data.

やっぱりだめぽい

virtual sensorを置いた解析もできるようになっている(connectivity analysisのtutorialを参照)

******

***egi (128ch脳波計、netstation, net sensor)のファイルを読んだとき電極の位置情報が出てこないぽいが*****

http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-February/002620.html

the ".sfp" filesが必要だと

eeglabのsample_locsの中にGSN128.sfpとかGSN129.sfp(Czが入るのでこちらではないか)を読み込める

中身はただのテキスト

elec=ft_read_sens('GSN129.sfp')でおけ