スクリプトの設定部分。黄色の部分を適宜変更する｡青色は説明
メールを送らなければ黄色の欄のうち上3つが変更対象.
更にMRIのディレクトリのsurfの中身があれば、黄色の欄のうち上2つ(cfgMain.MRIdirectory, Subj) のみが変更対象
%%%%% settei:必ず作業の前にcfgMainの中身を確認すること %%%%%%%%%%%%
cfgMain=[];
cfgMain.MRIdirectory='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/subjects'; %MRIデータの集められたディレクトリ:SUBJECTS_DIR
cfgMain.Subj='hoge_hoge';%被検者名: SUBJECT
cfgMain.Subj4BF='';%ここはスクリプト中に自動で作るので空欄でよい
cfgMain.dicomDir='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/sample/slices';%dicomファイルのあるディレクトリ
% cfgMain.dicomDirはdoConvertFromDicom2reconAllAll==0 のとき(reconAll -allが終わってるとき=subjectのディレクトリにsurfディレクトリがあって、その中にデータがあるとき)無視される
cfgMain.doConvertDicom2reconAllAll=[];%後で0か1か入るので触らない
% email configuration
cfgMain.doSendmail=0;%通知メールを送りたいときは 1
cfgMain.mail.From='from@gmail.com';%gmailを使う. doSendmail=0の時は無視される
cfgMain.mail.Pass='password';%メール送信で必要. doSendmail=0の時は無視される
cfgMain.mail.To='to@gmail.com';%メールの送り先. doSendmail=0の時は無視される
cfgMain.setMailPropty=[];%doSendmail=1のときスクリプト中に変更されるので触らない
%% kankyou kakunin: futsuu ha kakikaenai
cfgMain.fsHome='/opt/freesurfer';%freesurferのhome directory 通常触らない
cfgMain.done=[];%以下スクリプト中に処理が進んだとこは'done'に変わるので触らない
cfgMain.done.dicom2reconAll='not yet';%atode 1 ka 'skip' ga hairu
cfgMain.done.cpMRIdata='not yet';% shori ga sundara 1 ni kawaru
cfgMain.done.renameMRI4BF='not yet' % ue ni onaji
cfgMain.done.mkheadsurf='not yet'; % ue ni onaji
cfgMain.done.create_asegMgz='not yet'; % ue ni onaji
cfgMain.done.create_nostemMgz='not yet'; % ue ni onaji
cfgMain.done.create_CORfif='not yet'; % ue ni onaji
disp(cfgMain);%naiyou kakunin
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
MRIdirectory='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/subjects'; %MRIの集められるディレクトリ：$SUBJECTS_DIRに相当
Subject='hoge_hoge';%サブジェクトの名前
（１）freesurferで処理したデータがMRIdirecotryの下の、この名前(Subject)のディレクトリに入っていれば(言い換えるとMRIdirectory/Subjectの中にちゃんとT1.mgzとかouter-skin.surfとかデータが入っていれば）、この名前を元に”Subject4BF"の名前にコピーされて後の処理がなされる。よって、この状況では
1. dicomは不要(mgzを使う） 2. このディレクトリ（Subject)の内容は変更を受けない。
（２）もし、上記状況が満たされなければ、Subjectのディレクトリを作って、freesurferでしこしこ処理をして、その後Subject4BFにコピーする。
dicom_dir='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/sample/slices';%dicomのあるフォルダ。dicomから処理をするとき（（２）の状況）にはこのディレクトリに入れておく。
% email configuration
doSendmail=0;%メールを送るときは１、送らないときは０
sEmailFrom='from@gmail.com';%from:に入るアドレス。gmailを送信に使う。
sEmailPass='password';%送信時gmailに認証が必要なのでパスワード
emailAddr='to@gmail.com';%送り先のアドレス。こっちはgmailでなくても大丈夫（当たり前か）