スクリプトの設定部分の説明

スクリプトの設定部分。黄色の部分を適宜変更する｡青色は説明

メールを送らなければ黄色の欄のうち上3つが変更対象.

更にMRIのディレクトリのsurfの中身があれば、黄色の欄のうち上2つ(cfgMain.MRIdirectory, Subj) のみが変更対象

%%%%% settei:必ず作業の前にcfgMainの中身を確認すること %%%%%%%%%%%%

cfgMain=[];

cfgMain.MRIdirectory='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/subjects'; %MRIデータの集められたディレクトリ:SUBJECTS_DIR

cfgMain.Subj='hoge_hoge';%被検者名: SUBJECT

cfgMain.Subj4BF='';%ここはスクリプト中に自動で作るので空欄でよい

cfgMain.dicomDir='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/sample/slices';%dicomファイルのあるディレクトリ

% cfgMain.dicomDirはdoConvertFromDicom2reconAllAll==0 のとき(reconAll -allが終わってるとき=subjectのディレクトリにsurfディレクトリがあって、その中にデータがあるとき)無視される

cfgMain.doConvertDicom2reconAllAll=[];%後で0か1か入るので触らない

% email configuration

cfgMain.doSendmail=0;%通知メールを送りたいときは 1

cfgMain.mail.From='from@gmail.com';%gmailを使う. doSendmail=0の時は無視される

cfgMain.mail.Pass='password';%メール送信で必要. doSendmail=0の時は無視される

cfgMain.mail.To='to@gmail.com';%メールの送り先. doSendmail=0の時は無視される

cfgMain.setMailPropty=[];%doSendmail=1のときスクリプト中に変更されるので触らない

%% kankyou kakunin: futsuu ha kakikaenai

cfgMain.fsHome='/opt/freesurfer';%freesurferのhome directory 通常触らない

cfgMain.done=[];%以下スクリプト中に処理が進んだとこは'done'に変わるので触らない

cfgMain.done.dicom2reconAll='not yet';%atode 1 ka 'skip' ga hairu

cfgMain.done.cpMRIdata='not yet';% shori ga sundara 1 ni kawaru

cfgMain.done.renameMRI4BF='not yet' % ue ni onaji

cfgMain.done.mkheadsurf='not yet'; % ue ni onaji

cfgMain.done.create_asegMgz='not yet'; % ue ni onaji

cfgMain.done.create_nostemMgz='not yet'; % ue ni onaji

cfgMain.done.create_CORfif='not yet'; % ue ni onaji

disp(cfgMain);%naiyou kakunin

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

MRIdirectory='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/subjects'; %MRIの集められるディレクトリ：$SUBJECTS_DIRに相当

Subject='hoge_hoge';%サブジェクトの名前

（１）freesurferで処理したデータがMRIdirecotryの下の、この名前(Subject)のディレクトリに入っていれば(言い換えるとMRIdirectory/Subjectの中にちゃんとT1.mgzとかouter-skin.surfとかデータが入っていれば）、この名前を元に”Subject4BF"の名前にコピーされて後の処理がなされる。よって、この状況では

1. dicomは不要(mgzを使う） 2. このディレクトリ（Subject)の内容は変更を受けない。

（２）もし、上記状況が満たされなければ、Subjectのディレクトリを作って、freesurferでしこしこ処理をして、その後Subject4BFにコピーする。

dicom_dir='/net/raidunit/mnt/array1/share/BF/sample/slices';%dicomのあるフォルダ。dicomから処理をするとき（（２）の状況）にはこのディレクトリに入れておく。

% email configuration

doSendmail=0;%メールを送るときは１、送らないときは０

sEmailFrom='from@gmail.com';%from:に入るアドレス。gmailを送信に使う。

sEmailPass='password';%送信時gmailに認証が必要なのでパスワード

emailAddr='to@gmail.com';%送り先のアドレス。こっちはgmailでなくても大丈夫（当たり前か）