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いろいろneuromag
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personal memo
1 neuromag全般(MNEとかも)
* maxfilterのmaxmoveができなくなっている・・・
*beamformer関係:複数のバーチャルセンサーの座標を含んだ.ptsファイルを作る
MEG head coordinateをtalairach coordinateに変換したいとき
*beamformer関連:brainstemなしのBEMを作る
*beamformer用のBEMを作る(ちょっとお手軽に)
*seglabで脳幹なしのfifを.meshにする(mneのtutorialより)
1DCM2T1.sh
2skullstrip_T12brainmask.m
3recon_all_rest.sh
4aseg2nostem_mri.m
outer-skin.surfがあるときの段取り
スクリプトの設定部分の説明
余談 bemが正しく位置合わせできているか確認する方法
最初からfreesurferの処理をするとき
段取り2: mne_analyzeでhead->MRI 位置合わせ
*環境変数($なんとか)の設定のしかたとか
*beamformer関連:複数のファイルから同じイベントのエポックを1まとめのfiffにする
*dicomからXfitに必要なbem-sol.fifとかを早く生成する
*xfitのMEGでbemモデルを使いたいとき
*freesurferで小児の小さな脳がうまく処理できないとき
*freesurfer関連:inflatedでのvertexとかlabelがどのareaか知りたいときは?
*freesurfer関連:recon-allがうまくいかなかった(talairachなんとかかんとか)
*graphでフィルタ(特にnotch filter)をかけたいとき
*maxfilterをかけるコマンド
maxfilterでノイズが増える理由の1つ:移動距離が大きい、の説明
*MNE: $SUBJECTS_DIRとか$SUBJECTてなに?それは環境変数といいます
*mne_analyzeのshow viewerで耳がわかりにくいとき
*mne_browse_rawでトリガーが見えない
*MNEで使うMRIの処理の基本
MNEで使うMRIの処理(コメントなし)
*MNE:vertexの数
*neuromagのフォントがおかしいときは
*neuromagソフトのbem.fifの座標系(coordinate system)まとめ
*SSHでmne_analyzeなど起動するときdesired visuals not foundと出たら
*talairachの座標からinflated上のvertex番号を探す
*インストール時のトラブル
*ライセンス関係
*耳介前点の場所
2 PythonとかPsychopy
* MNEとか使っていて'QString'云々みたいなエラーで動かない時
64bit Winodowsのpsychopy(standalone版)上でパラレルポートを叩くために
Psychopyで音を出したい:jitterが減るように
3 Matlab関係
* matlabでfiffファイルを読み書きするとデータが完全には一致しない
*matlabからfreesurferを呼び出しても走らないトラブル
*CSVのヘッダーの一覧を取り出す
*Fieldtrip
*fieldtripでのMRIの処理の流れ(理解は不十分ですが)
*fifファイルを読み込んでdata.gradの情報が取り出せないことがある
*Fieldtrip: Planarをcombineする方法
*plot(figure)から座標の点をマウスで取得
*Rでrepmat
*subplotでたくさんplotした図に大見出しをつける
*tactile stimulatorの刺激パターンを作る
*windmillパターンの画像を作る
*μVの表示
*インストールでこけたら(Linux版での話)
*デモ用ムービーを作る
*刺激画像のグレーレベル、コントラストを調節する
*日本語が表示されるようにする(途中)
4Linuxがらみ
* Disk Management(LVM)
*nVidiaのメーカーのドライバを入れる
*WindowsからNFSに接続する(アクセス拒否を回避する)
*.mスクリプトをダブルクリックしてmatlabで開く
*firefoxが起動できない
*linuxからlinuxへリモート接続(SSH)
*LinuxからWindows(NAS)に接続する
*teratermでLinuxに接続できないときは?
*WindowsからLinuxにリモート接続
*yumでError: no such table: packagesとでたら
*ディスクのチェック
*バックアップのお作法(rsync)
*ランレベル 3(コマンド入力のレベル)で起動したいとき
*ログの見方
*共有ドライブ・フォルダ(NFS関係)
*環境変数($SUBJECT)とか指定のしかた
*起動時画面が出ない(nvidiaビデオカードドライバ、カーネルモジュールのトラブル)
5 Presentation (neurobehavioral systems)
スクリプト
ライセンス関係
*Windowsのデュアルブート
*動画に画像を重ねて表示したい
*動画の切替時のちらつきが気になったら
*動画を使うとき注意すること
6 バックアップ(Freenas, VVault on Windows)
*linuxでデータのコピー(rsync)
7 RapidForm関係
import vivid file and rotate
Files
script
いろいろneuromag
*日本語が表示されるようにする(途中)
1. フォントのインストール(例 IPAフォント)
# yum install ipa*font
2. ipaフォントがmatlabのpreferenceで見えるように
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