3recon_all_rest.sh

ファイルはここ

brainmask.mgzからaseg.mgz（エリア毎の識別データが入っている）を作成

注意：1から同じ端末を使って処理していれば$SUBJECTS_DIRと$SUBJECTの情報は残っているので設定は不要と思われるが

端末から

env | grep SUBJECT

と入力して確認したほうがよいでしょう｡

もし予定と違うディレクトリになっていたら1DCM2T1.shをみて設定を

#brainmask.mgz kara aseg.mgz wo tsukuru tokoromade

#!!!! $SUBJECTS_DIR to $SUBJECT ga tadashiku setteisareteiruka kakunin

#original no freesurfer deha recon-all -skullstrip de hone wo hazusu

recon-all -gcareg -subjid $SUBJECT

recon-all -canorm -subjid $SUBJECT

recon-all -careg -subjid $SUBJECT

recon-all -calabel -subjid $SUBJECT

#konoato aseg.mgz tokawo tsukatte fieldtrip de shori