＊MNE: $SUBJECTS_DIRとか$SUBJECTてなに？それは環境変数といいます

設定の仕方はここ。

MNEのマニュアルtable 2.3より(v2.7のマニュアルp17より)

というわけで通常MRIのデータは

$SUBJECTS_DIR/$SUBJECTの下にmriとかbemとかsurfとかいろいろフォルダが一緒になって、mriの下にはなんとか.mgzとかフリーサーファーで作ったMRIデータが存在することを想定している。

例えばMNE+MRIのデータを集めるフォルダが/hoge/hogeMNEだったら

$SUBJECTS_DIR=/hoge/hogeMNE/subjectsみたいな感じでsubjectsの名前のフォルダ(ディレクトリ)を作って指定するのが一般的らしい。MRIのデータは皆で使いまわしできるので、確かにそうかなと思います。

同じ階層に/hoge/hogeMNE/MEGみたいなディレクトリを作ってそっちにMEGデータを入れとくと整理しやすいのではないかと。

ちゃんとできているか確認するときは、ターミナルに

env | grep SUBJ

と入れるとSUBJECTS_DIR=云々とか表示される。されてなかったら設定しないといけません。