2skullstrip_T12brainmask.m

1DCM2T1.shでできたT1.mgzからbrainmask.mgzを作る：skullを外す

ファイルはscriptからダウンロードするのがよいと思われる

使い方

1. 黄色の部分を適切に変更

2. 1-2までをコピペして走らせる。ウィンドウが立ち上がるのでnasion, LPA, RPAを指定する。

ちょっとヘルプが出てくるのでよく読む。

たぶん通常のMRIと同じで画面の左が右耳。終わったらqを押して終了させる。

3. 残りの部分をコピペして走らせる。

brainmask.mgzがあるのを確認

%% fieldtrip jou de dicom wo yomikonde skull wo nozoku,

%% sono ato .mgz file de hozonsuru

%% kono ato bash de freesurfer wo ugokasu (createAseg.sh)

%% settings

%working directory

sWorkDir='/misc/raid1/hogehoge/mri';%T1.mgzを置いているディレクトリ

cd(sWorkDir);

%omajinai

ft_defaults;

%%1. read T1.mgz file

mri=ft_read_mri('T1.mgz');

%% 2. Preprocessing of the anatomical MRI: realign to CTF

%You can check the coordinate system of the mri, using the following function:

cfgRlgn = [];

cfgRlgn.method = 'interactive';

mri_ctf = ft_volumerealign(cfgRlgn, mri);

%!! kokomade (2made)de ittan tomeru: GUI no shori ga aru

% matlab no window no setsumei wo yoku yonde n(nasion),l(lpa),r(rpa) no mark wo tsukeru

%% 3. Preprocessing of the anatomical MRI: segmentation

% segmentation of the mri

cfgSeg = [];

cfgSeg.coordsys = 'ctf';

cfgSeg.output = {'skullstrip' 'brain'};

seg = ft_volumesegment(cfgSeg, mri_ctf);

% ensure that the skull-stripped anatomy is expressed in the same coordinate system as the anatomy

seg.transform=mri.transform;

% save both the original anatomy, and the masked anatomy in a freesurfer compatible format

cfgVl = [];

cfgVl.filename = 'brainmask';

cfgVl.filetype = 'mgz';

cfgVl.parameter = 'anatomy';

ft_volumewrite(cfgVl, seg);

%brainmask.mgzがあることを確認

%%kokomade dekitara bash kara 3recon_all_rest.shを走らせる