*matlabからfreesurferを呼び出しても走らないトラブル

普通に端末から動かすと問題ないけど、matlabからfreesurferを呼び出すとこける

原因：ライブラリのパス(LD_LIBRARY_PATH)が通っていなかった

・ライブラリはmatlabのライブラリに加えてosのライブラリもあり。

・freesurferのバージョンによってはmatlabのライブラリが合わないー＞ライブラリがないと怒られて終了する

・推測だがfreesurferのバージョンが上がってきてmatlabのライブラリのバージョンが古くなってきたかも知れない

v5.0.0のfreesurferが入ったPCでは問題が生じておらず、v5.2.0のfreesurferの入ったPCで問題が生じた

対策：matlab上のLD_LIBRARY_PATHに/lib64と/usr/lib64を含める

startup.m (which startupで場所を確認)に追記

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ldpath=getenv('LD_LIBRARY_PATH')

ldpathnew=['/lib64:/usr/lib64:',ldpath];

setenv('LD_LIBRARY_PATH',ldpathnew)

clear ldpath ldpathnew

であとは普通に使えるはず。

ちゃんとLD_LIBRARY_PATHが期待通り(/lib64と/usr/lib64を含めて)セットされたかどうか確認するには

getenv('LD_LIBRARY_PATH')