普通に端末から動かすと問題ないけど、matlabからfreesurferを呼び出すとこける
原因：ライブラリのパス(LD_LIBRARY_PATH)が通っていなかった
・ライブラリはmatlabのライブラリに加えてosのライブラリもあり。
・freesurferのバージョンによってはmatlabのライブラリが合わないー＞ライブラリがないと怒られて終了する
・推測だがfreesurferのバージョンが上がってきてmatlabのライブラリのバージョンが古くなってきたかも知れない
v5.0.0のfreesurferが入ったPCでは問題が生じておらず、v5.2.0のfreesurferの入ったPCで問題が生じた
対策：matlab上のLD_LIBRARY_PATHに/lib64と/usr/lib64を含める
startup.m (which startupで場所を確認)に追記
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ldpath=getenv('LD_LIBRARY_PATH')
ldpathnew=['/lib64:/usr/lib64:',ldpath];
setenv('LD_LIBRARY_PATH',ldpathnew)
clear ldpath ldpathnew
であとは普通に使えるはず。
ちゃんとLD_LIBRARY_PATHが期待通り(/lib64と/usr/lib64を含めて)セットされたかどうか確認するには
getenv('LD_LIBRARY_PATH')