背景
beamformerのBEM(-bem-sol.fif)はhead coordinateでないといけない。
mne_setup_forwad_modelで変換すると-bem-sol.fifが出力されるがMRI coordinateになっているので、
head coordinateを付加しないと使えません。
なので、-bem-sol.fifを一旦.meshに変換して(ここをスクリプトで作業します)、xfit上でhead coordinate情報を付加して-bem-sol.fifを作ります。
前提
1. -bem-sol.fif (-bem.fifでもok)があること。なかったらここを参照してください。
だいたい/neuro/databases/bemにあるかと思います。
2. mneのツールを使ってます ＝＞ mneのパスが通っている必要があります
段取り
1. スクリプトを走らせる -> *4xfit.meshのファイルが
~/ (ホームディレクトリ)に出力される。
2. これ以後は、このページの段取り4と同じやり方で新しく-bem-sol.fifを作成
スクリプトのやっていることは
1. *-bem-sol.fif を *.meshに変換 (中身はただのテキストファイル)
ただこれはxfitで読み込めない。
2. 書式をxfitで読めるように調整して*4xfit.meshの名前で保存
注意点
最終的に出力する-bem-sol.fifは、どのMEGデータに対応する-bem-sol.fifかわかるようにファイル名をつけましょう。
%%^^^^^^^^^ スクリプト本体 (matlab用) コピペしてください^^^^^^^^^^^^^^%%
%%%%%%%%%%%%%% copy below %%%%%%%%%%
%% create .mesh file for xfit from -bem-sol.fif
% * It takes a few seconds.
% * It uses -bem-sol.fif (-bem.fif is still all right)
%
% *The created *4xfit.mesh contains brainstem and cerebellar hemispheres.
%
% *The created *4xfit.mesh file does not contain head coordinate, so you have to transfer head
% coordinate using xfit.
% => use estimates - prepare new BEM model
%
% *The created *4xfit.mesh is located at ~/ (home directory)
%
%% necessary information %%
% get -bem-sol.fif
cd('/neuro/databases/bem');
[sFnameIn sDir]=uigetfile('*-bem-sol.fif','choose -bem-sol.fif');
sFileNameBem=fullfile(sDir,sFnameIn);% bem.fif to process
%%%%%%%%%%% you do not need to edit the script below %%%%%%%%%%%%
[sDir sFnameIn sExt]=fileparts(sFileNameBem);
% convert bem-sol.fif into .mesh
sFileNameMesh=[sFnameIn,'.mesh'];
cd('~/');% go to home directory
eval(['!mne_list_bem --id 1 --xfit --bem ',sFileNameBem,' --out ',sFileNameMesh])
%% convert .mesh format
fid=fopen(sFileNameMesh,'r');
%% there are 2 blocks in the .mesh file
vecLines=zeros(1,2);
celTriColumns=[];
for kk=1:2
sLine=fgetl(fid);% line number
nLine=str2num(sLine);
matTriColumns=zeros(nLine,3);
for ii=1:nLine
sLine=fgetl(fid);%format:1 -0.100 -0.0930 -0.0070
idxBlank=strfind(sLine,' ');% search blanks
diffBlank=diff(idxBlank);
idxStart=[idxBlank(diffBlank>1)+1,idxBlank(end)+1];
nLengthNum=diffBlank(diffBlank>1)-1;
idxEnd=[idxStart(1:end-1)+nLengthNum-1,length(sLine)];
for jj=1:4
vecRow(jj)=str2num(sLine(idxStart(jj):idxEnd(jj)));
end
matTriColumns(ii,:)=vecRow(2:4);
end
celTriColumns{kk}=matTriColumns;
vecLines(kk)=nLine;
end
fclose(fid);
delete(sFileNameMesh);
%% write out .mesh
sFnameOut=[sFileNameMesh(1:end-5),'4xfit.mesh'];
fid=fopen(sFnameOut,'w');
% 1st part
kk=1;
matTriColumns=celTriColumns{kk};
fprintf(fid,'%u\n',vecLines(kk));
for ii=1:vecLines(kk)
fprintf(fid,'%1.4f %1.4f %1.4f\n',matTriColumns(ii,:));
end
% 2nd part
kk=2;
matTriColumns=celTriColumns{kk};
fprintf(fid,'%u\n',vecLines(kk));
for ii=1:vecLines(kk)
fprintf(fid,'%u %u %u\n',matTriColumns(ii,:));
end
fclose(fid)
hmsgLast1=msgbox([sFnameOut,' is created in home directory.'],'Done','none');
uiwait(hmsgLast1);
hmsgLast2=msgbox({['Now open xfit and use'],
['"estimates - prepare new BEM model"'],
['to create -bem-sol.fif with head coordinate']},'Open Xfit','none');