この辺よくわかりません。pntの方の座標系が正しいか不明です。
(MNEマニュアルより)
＊freesurferでsurfaceの画像を作成後、mne_setup_forward_modelでbemを使ったMRIのskin, outerskull, innerskullのmesh?ができる(自信なし). そのうち$SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/bem/inner_skull-5120.pntとかpntファイルはMRIlabでちゃんと MRIと重なるかチェックできる. MRIlabでMRI画像(COR.fif) を開いた後"File"-"import"-"strings"で.pntファイルを開く
(cf. MNEマニュアル3.7 setting up the boundary-element model)