基本的には下記の通りで
rsync -auv --delete --progress /source_dir1/source_dir2/ /destination_dir1/source_dir2
コピー元のsource_dir2の"中身"をコピー先のディレクトリの"中に" コピーする。
/がないと、ディレクトリごとコピーされる：コピー先に/destination_dir1/source_dir2/source_dir2という形で保存される
わかっていれば、
rsync -auv --delete --progress /source_dir1/source_dir2 /destination_dir1/
でも同じ動作になることもわかるでしょう。
オプションの意味
a: 属性とか下位のディレクトリも、とかいう意味。要はつけとけばおっけー
u: updateの意味。既にコピー済みのファイルはスキップする。コピーが早くなる
v: verboseの意味。途中経過をずらずら表示する。
delete: コピー元にないファイルはコピー先から消す。
progress: 途中経過を%表示してくれる。vとの違いはよくわからず。