1DCM2T1.sh

以下はスクリプトの中身。ファイル自体はscriptの方でダウンロードしたほうがよいでしょう

1. 黄色の部分を適切に書き換えて

2. 端末を開いて

3. コピペすれば走る

終了したらT1.mgzがmriディレクトリの中にあるのを確認して次のステップへ

!!!注意!!!：

1. FREESURFER_HOMEはfreesurferをインストールしているディレクトリで、PCによって違うことがあるので要注意

/optは一般的に置いてある場所なので通常は変更の必要はない

2. SUBJECTS_DIRの環境変数で指定されたディレクトリに処理されたMRIのデータが集められている(元になっているdicomファイルは別のディレクトリ、ここではDCM_DIRで指定したディレクトリにある)。

このスクリプトではDCM_DIR(dicom fileのあるdirectoryのつもり)からファイルをとってきて、SUBJECTS_DIRの下にSUBJECTの名前のディレクトリとその下のサブディレクトリ(origとかT1とかbemとか)を作って、その下にデータをコピーした後処理を開始する。

3. つまり、先にSUBJECTS_DIRの中にSUBJECTのディレクトリを作っておくとエラーの生じる可能性がある。

##freesurfer de aseg.mgz wo tsukuru

##kono ato mouichido fieldtrip de mri no cerebellum wo hazusu

##settings

export SUBJECTS_DIR=/misc/raid1/hogehoge #freesurferで必要。このディレクトリの下のSUBJECTで指定したディレクトリ内のデータを読みにいく

#111002追記: 通常/hoge/hogehoge/subjectsと/hoge/hogehoge/MEGみたいに2つディレクトリがあって、/hoge/hogehoge/subjectsの方を指定する。

#freesurfer ni hitsuyou

export SUBJECT=hoge #freesurferで必要。このディレクトリ内のデータを処理する。SUBJECTS_DIRの下にこの名前でスクリプトがディレクトリを作るので、この名前のディレクトリ存在すると、エラーの可能性あり

#freesurfer ni hitsuyou

#$SUBJECTS_DIR/$SUBJECTS ni data gaaru

export DCM_DIR=/misc/raid1/sampleData/hoge/slices #dicom ファイルを置いているディレクトリ

#dicom file ga arutokoro

##!settei kokomade

#you need to set up your environmental variables:

# futsuu ha setteizumi nanode hitsuyou nai

export FREESURFER_HOME=/opt/freesurfer #要確認:上記注意を参照

#type this command to set up Freesurfer:

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

#It is useful to set up a subject-specific directory:

mksubjdirs $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT

#Now, we are ready to start using Freesurfer.

cd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/T1

cp -pR $DCM_DIR/* .

FLIST=(`ls $DCM_DIR`) #file list no shutoku

INIT_FILE=${FLIST[0]} #1tsume no file no shutoku

mri_convert $INIT_FILE $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/orig/001.mgz

recon-all -motioncor -subjid $SUBJECT

recon-all -talairach -subjid $SUBJECT

recon-all -nuintensitycor -subjid $SUBJECT

recon-all -normalization -subjid $SUBJECT

#recon-all -skullstrip -subjid $SUBJECT no bubun wo fieldtrip de okonau

#fieldtrip deshori