以下はスクリプトの中身。ファイル自体はscriptの方でダウンロードしたほうがよいでしょう
1. 黄色の部分を適切に書き換えて
2. 端末を開いて
3. コピペすれば走る
終了したらT1.mgzがmriディレクトリの中にあるのを確認して次のステップへ
!!!注意!!!：
1. FREESURFER_HOMEはfreesurferをインストールしているディレクトリで、PCによって違うことがあるので 要注意
/optは一般的に置いてある場所なので通常は変更の必要はない
2. SUBJECTS_DIRの環境変数で指定されたディレクトリに処理されたMRIのデータが集められている(元になっているdicomファイルは別のディレクトリ、ここではDCM_DIRで指定したディレクトリにある)。
このスクリプトではDCM_DIR(dicom fileのあるdirectoryのつもり)からファイルをとってきて、SUBJECTS_DIRの下にSUBJECTの名前のディレクトリとその下のサブディレクトリ(origとかT1とかbemとか)を作って、その下にデータをコピーした後処理を開始する。
3. つまり、先にSUBJECTS_DIRの中にSUBJECTのディレクトリを作っておくとエラーの生じる可能性がある。
##freesurfer de aseg.mgz wo tsukuru
##kono ato mouichido fieldtrip de mri no cerebellum wo hazusu
##settings
export SUBJECTS_DIR=/misc/raid1/hogehoge #freesurferで必要。このディレクトリの下のSUBJECTで指定したディレクトリ内のデータを読みにいく
#111002追記: 通常/hoge/hogehoge/subjectsと/hoge/hogehoge/MEGみたいに2つディレクトリがあって、/hoge/hogehoge/subjectsの方を指定する。
#freesurfer ni hitsuyou
export SUBJECT=hoge #freesurferで必要。このディレクトリ内のデータを処理する。SUBJECTS_DIRの下にこの名前でスクリプトがディレクトリを作るので、この名前のディレクトリ存在すると、エラーの可能性あり
#freesurfer ni hitsuyou
#$SUBJECTS_DIR/$SUBJECTS ni data gaaru
export DCM_DIR=/misc/raid1/sampleData/hoge/slices #dicom ファイルを置いているディレクトリ
#dicom file ga arutokoro
##!settei kokomade
#you need to set up your environmental variables:
# futsuu ha setteizumi nanode hitsuyou nai
export FREESURFER_HOME=/opt/freesurfer #要確認:上記注意を参照
#type this command to set up Freesurfer:
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
#It is useful to set up a subject-specific directory:
mksubjdirs $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT
#Now, we are ready to start using Freesurfer.
cd $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/T1
cp -pR $DCM_DIR/* .
FLIST=(`ls $DCM_DIR`) #file list no shutoku
INIT_FILE=${FLIST[0]} #1tsume no file no shutoku
mri_convert $INIT_FILE $SUBJECTS_DIR/$SUBJECT/mri/orig/001.mgz
recon-all -motioncor -subjid $SUBJECT
recon-all -talairach -subjid $SUBJECT
recon-all -nuintensitycor -subjid $SUBJECT
recon-all -normalization -subjid $SUBJECT
#recon-all -skullstrip -subjid $SUBJECT no bubun wo fieldtrip de okonau
#fieldtrip deshori