xarrayは時間の表現にpandasのdatetimeを基本として使っているために，その適用可能範囲である1677-09-22～2262-04-11以外を含むデータは，標準の時間表現とは違うcftime objectとして読み出す．このため時間をselで選択できなくなったり，to_netcdfでファイルに書き出せないという問題がが生じる．時間を選択するのは，selではなくiselを使うのが良いだろう．netcdfへの書き出しには，stack overflowの記事で紹介されているように，cftime.DatetimeProlepticGregorianを使って時間のリストを作った上で，
xr_dataarray.coords['time']=('time',time_list)としてcoords['time']を書き換えるなりすれば，to_netcdfで書き出しができるようになる．