iris.save(MyCube, output_file_name)
でファイル名に.ncの拡張子があれば自動的にnetcdfに書き出される．また
iris.fileformats.netcdf.save(MyCube, output_file_name)
でもnetcdfに書き出すことができる．
複数のcubeを，一つのnetcdfに格納するには，
iris.save([MyCube1, MyCube2], output_file_name)
または
iris.save(iris.[MyCube1, MyCube2], output_file_name)
で複数のcubeを一つのnetcdfに格納することができる．
書き出しを行ったら，まずは，
ncdump -c file_name
で正しく書き出されているかを，確認するのがよい．