numpy masked arrayは，numpy arrayのそれぞれの要素にmaskという属性をつけて，maskがtrueなら計算に使わないための機能である．欠損値(nan)を使うことにくれべると，１）計算に使わないけれどnanではない値が配列要素に入っている，場合と，２）nanには対応していないけれどmasked array には対応している関数を使う場合，にメリットがある．２番の例としては，numpy.corrcoefはnanを処理できないが，masked arrayにしておけばnumpy.ma.corrcoefで欠損のあるデータの相関係数を求めることができる．一方nanmeanなどnanに対応する関数がある場合は，masked arrayにする必要はない．nanを持つnumpy arrayとmasked arrayで，並列同士の足し算，掛け算，割り算で速度を評価すると，掛け算・割り算はnumpy arrayのほうが速く，足し算は同程度だった．
欠損値を持つnumpy arrayをnumpy masked arrayに変換するには次のようにすればよい．
x_ma=np.ma.masked_array(x_na,np.isnan(x_na))