- определение групп сцепления и определение расстояния между генами - только часть работы по составлению карты данного вида организмов. В итоге анализа результата скрещиваний определяют только группу сцепления и растояния между генами. Следующая задача - определить, какой конкретной хромосоме кариотипа соответствует установленная группа сцепления. Для решения этой задачи используют хромосомы с видимыми в микроскоп изменениями структуры. Далее проводят обычный анализ результатов дигибридного скрещивания, в котором один исследуемый признак - хромосома с изменненой структурой, а другой окраска. В том, случае, если наблюдают сцепленное наследование двух этих признаков, следует вывод об установлении связи с конкретной хромосомы с определённой группой сцепления. Карты, построенные по этому принципу, созданы для многих генетически хорошо изученных организмов: кукурузы, дрожжей, гороха, пшеницы, томата, плодовой мушки дрозофилы, мышей.
Некоторые клетки насекомых, в частности дрозофилы или комара хирономуса, оказались замечательным объектом для изучения расположения генов в хромосомах с помощью светового микроскопа. Дело в том, что в этих клетках существуют политенные хромосомы - хромосомы, которые в состоянии интерфазы подверглись многократному удвоению ДНК, не сопровождавшееся делением клетки и расхождением хроматид. Такие хромосомы состоят из сотен, а иногда из тысяч хроматид тесно прилегающих друг к другу. Это приводит к тому, что интерфазная хромосома становится видная в световой микроскоп или даже сильную лупу! Поскольку в каждой хромасоме чередуются более плотные и менее плотные участки, то в целом политенная хромосома оказывается поперечно исчерченной. При чередование плотных и рыхлых участков разной толщины постоянно для каждого участка хромосом данного вида насекомых, что позволяет узнавать каждую хромосоому "в лицо".
Совмещая анализ результатов скрещивания организмов с разными генотипами с цитологическим изучение политенных хромосом, строят цитологические карты - схемы расположения генов в конкретных участках определённых хромосом. В настоящее время существуют особые методы окраски, позволяющие и обычные, не политенные хромосомы млекопитающих, различать по расположению и толщине поперечных полос, а значит и строить цитологические карты.
Сопоставляя генетические карты с цитологическими - указывает на их корреляцию (прямую взаимосвязь).
Гены, удалённые друг от друга на генетической карте, действительно располагаются в хромосоме на значительном расстоянии. Близко расположенные на генетической карте гены соседствуют и на цитологической. В то же время заметно отсутствие полной пропорциональности: вблизи центромеры на генетической карте гены расположены существенно плотнее. Это связано с пониженной частотой кроссинговера в районе центромеры. Таким образом, генетические карты отражают реальный порядок генов в хромосоме и дают приблизительное представление о физических расстояниях между генами.
Построение генетических карт классическим методом -длительный и трудоёмкий процесс, осуществимый далеко не для всех биологических объектов. В 1970 году были развиты новые, дополнительные методы кариотипирования генов, позволяющие обойтись без гибридологического анализа:
Один из них основан на искусственном слиянии (гибридизации) в лабораторных условиях клеток, принадлежащих разным видам, например человеку и хомяку. Получившиеся в результате слияния гибридные клетки в процессе дальнейшего размножения в условиях клеточных культур, как правило утрачивают одну или несколько хромосом одного из видов. После тщательного хромосомного анализа отбирают 20- 30 клонов, отличающихся по набору хромосом изучаемого вида. Наиболее удобным, а иногда единственно возможнвми признаками, использующимися при построении генетических карт таким методом, являются белки. Метод клеточной гибридизации позволяет обнаружить определённый белок, кодируемый геном конкретной хромосомы. В том, случае, если во всех клонах, лишенных данной хромосомы, отсутствует изучаемый белок, а во всех клонах, её имеющих, он присутствует, делается вывод о сцеплении изучаемого признака с конкретной хромосомой. Использование этого метода позволяет за короткий срок создать или существенно расширить генетические карты человека и сельскохозяйственных и лабораторных животных.
В настоящее время широко используют прямое определение расположения того или иного участка ДНК в хромосомах. Для этого интересующий исследователя участок ДНК, выделенный из клетки с использованием методов генной инженерии, "метят", т.е. присоединяют к нему молекулы, которые можно увидеть под микроскопом. В основном используют флюорисцентные "метки" - молекулы, которые при освещении ультрафиолетом начинают светиться видимым светом. Такой меченный фрагмент ДНК наносят на цитологический препарат хромосом. Вся ДНК на препарате подвергается нагреванию, а потом охлаждению. При этом двуцепочечные молекулы сначала разделяются на отдельные цепочки (денатурируют), а затем при охлаждении начинают снова объединяться (ренатурировать). В это время меченные фрагменты ДНК могут присоединяться к молекулам ДНК в хромосомах, но не в любом месте, а только там, где есть комплементарные им участки, т.е. именно там, где находится изучаемый ген. На освещаемых ультрафиолетом хромосомах такая метка ярко светиться, её можно сфотографировать, а затем эти же хромосомы, окрашенные уже обычными красителями, проанализировать с помощью светового микроскопа. Этот процесс называют флюорисцентной гибридизацией.
Современные методы позволили картировать сотни генов человека и некоторых животных. Сравнением генетических карт и кариотипов разных животных занимается одна из самых молодых наук - сравнительная геномика. Оказалось, что гены, сцепленные у одних видов животных, очень часто оказываются сцепленными и у других. Как правило, чем эволюционно ближе друг к другу виды животных, тем длинее у них участки хромосом с одинаковым расположением генов.
Для сравнительного кариотипирования используют ДНК определённых хромосом хорошо изученного вида. С помощью метода флюорисцентной гибридизации находят гомологичные им, т.е. содержащие те же гены, участки в хромосомах изучаемого вида. Это в сотни раз убыстряет и удешевляет процесс картирования и позволяет за короткое время построить генетические карты большого числа видов.
Построение детальных генетических карт демонстрирует высокую степень биологической изученности объекта и представляет большой интерес для фундаментальной науки. Так, сравнительное картирование хромосом большого числа животных помогает лучшему пониманию путей эволюции живого.
Селекция животных, растений и микроорганизмов - другое важное направление, в котором уже используют генетические карты. Например, микробиологический синтез в биотехнологии невозможен без детального знания генетических карт: создание штаммов микроорганизмов, способных синтезировать необходимые для фармакологии и сельского хозяйства белки, гормоны и другие органические соединения.
Как же генетические карты помогают селекционеру? Например, он хочет вывести новую породу крупного рогатого скота, дающую много молока. Для этого он должен отбирать для размножения тех животных, у которых в генотипе сосредаточены нужные ему аллели генов. Как это сделать? Обычно приходится долго ждать, пока корова станет взрослой и начнёт давать молоко, чтобы определить подходит она для селекции или нет. А определить, есть ли нужные гены у быка, вобще невозможно - ведь он молока не даёт. Значит, нужно много лет ждать, когда вырастут его дочери, чтобы по ним оценить производтеля (этого быка) для селекции. Но если мы найдём какой-либо другой ген, который проявляется у обоих полов и тесно сцеплен с генами продуктивности молока, мы сможем вести отбор уже по этому гену. Что это за ген - совершенно не важно, главное, чтобы он был расположен в хромосоме как можно ближе к интересующему нас гену продуктивности. Тогда, ведя отбор по легко контролируемому признаку, мы будем знать, что одновременно мы отбираем и интересующий нас ген. А чем меньше расстояние между этими генами на генетической карте, тем меньше вероятность того, что это сцепление будет нарушено из-за кроссинговера.
Генетические карты могут оказаться очень полезными в решение практических проблем медицины и диагностики наследственных заболеваний человека. Некотоые тяжёлые наследственные заболевания человека проявляются не с самого рождения, а уже во взрослом состоянии. Зная, с какими генами сцеплен "вредный" аллель, можно заранее определить, есть ли у человека это заболевание, и начать лечение заранее.