Cuatro meses después de los eventos de The Old Blood, los esfuerzos y sacrificios de Blazkowicz en Paderborn y Wulfburg valieron la pena, pues gracias a el, los Aliados saben donde esta el complejo de la mente maestra detrás de la abrumadora superioridad tecnológica de los nazis, el general Wilhelm “Calavera” Strasse, y pueden lanzar un asalto total para acabar con el. Es una misión a todo o nada, pues el fracaso puede suponer el ultimo clavo en el ataúd de los Aliados. A esa misión suicida se une Blazkowicz, que ya tiene experiencia en hacer fracasar los planes de Calavera. Pero esta vez, la cosa no sale nada bien y, aunque tiene la relativa buena suerte de sobrevivir, lo hace gravemente herido, acabando en un psiquiátrico de Polonia en estado vegetativo.

Cuando despierta, lo hace cuando los nazis se presentan en el lugar con la intención de "clausurarlo". Tras salir de allí, se entera de que es 1960... y que ellos ganaron. Tras derrotar a la Unión Soviética y a Gran Bretaña, los nazis ganaron la carrera por la bomba atómica, que arrojaron sobre los Estados Unidos, forzando su rendicion y finalizando la guerra en 1948. Pero en este mundo en el que sus peores pesadillas se han hecho realidad, lejos de rendirse, Blazkowicz decide retomar la tarea que un trozo de metralla dejo a medias en 1946: Acabar con Calavera, y eso le llevara a buscar a la Resistencia, incluyendo gente a la que no esperaba volver a ver…