Link ha despertado en un lugar extraño, y cuando sale, sale a un Hyrule en ruinas, donde la naturaleza ha reclamado muchas construcciones, un mundo completamente distinto al que recordaba... o recordaría, si no tuviera importantes lagunas en su memoria. Poco a poco, empieza a reconstruir lo ocurrido: Han pasado cien años desde que formase parte del grupo que tenia la misión de impedir el Cataclismo, tal como había sucedido 10.000 años antes. Pero a diferencia de la otra vez, Ganon supo adaptarse y provoco la muerte de casi todo el grupo y la ruina del reino. Sabiendo que Zelda sigue en el Castillo, conteniendo al Cataclismo, Link se pone en marcha con dos objetivos: Recuperar a las bestias divinas y, ya de paso, rellenar los enormes agujeros de su memoria...