Desde la noche de los tiempos, mientras la humanidad ha evolucionado, guerreado y afrontado innumerables desafíos, dos facciones han estado librando una guerra, los Asesinos y los Templarios. Enfrentándose casi siempre en secreto, a veces haciéndolo a cara descubierta, ambas facciones han influido en eventos claves de la historia teniendo a figuras históricas en sus filas o respaldándoles y sirviendose de los Fragmentos del Edén, los únicos vestigios dejados atras por la Primera Civilizacion, una misteriosa raza que desaparecio en un desastre.

Es el año 2012 y Desmond Miles, un Asesino, ha sido capturado por Industrias Abstergo, la actual cara publica de los Templarios, con la intencion de que les "ayude" a averiguar la ubicacion de un Fragmento del Eden. Y para ello, sirviendose del Animus, exploraran su memoria genetica para intentar ubicarlo en el pasado. A traves de diferentes antepasados, Desmond iniciara un viaje que le llevara a distintas epocas y lugares: La Tierra Santa de las Cruzadas, la Florencia del Renacimiento, Roma, la Estambul otomana y las Trece Colonias... Distintas paradas para alguien cuyo papel es mas importante de lo que cualquiera puede imaginarse