Tras un año durmiendo para recomponer sus recuerdos tras su paso por el Castillo del Olvido, Sora y sus compañeros están listos para volver al servicio activo, pero las cosas han cambiado a lo largo de ese año: Aunque la amenaza permanente de los Sincorazón se ha atenuado, ha surgido otra, la de los Incorpóreos, que no son sino los cuerpos que han quedado atrás una vez sus dueños han sucumbido a la oscuridad, siendo dirigidos por los mas fuertes, que han constituido un grupo llamado Organización XIII. Con ropas nuevas, Sora y sus compañeros comienzan la tarea de averiguar en que anda metida la Organización y, ya de paso, volver a casa.