Han pasado mas de 100 años desde los hechos de Majora's Mask y Hyrule ha vivido un largo periodo de paz... que se ha acabado.

Venido de otro mundo, un misterioso individuo de nombre Zant ha extendido de nuevo las sombras de la desgracia por el reino. Y esta parece una amenaza demasiado grande para un granjero de la remota villa de Ordon que tiene la mala suerte de verse envuelto en todo el asunto. Convertido en lobo, recibirá la ayuda de otro extraño ser de nombre Midna, embarcándose en una aventura en la que la mente maestra es una figura casi olvidada por la historia, siendo Zant un mero pelele, y en la que no solo esta en juego el destino de Hyrule...