Siete años después de acabar con el Cataclismo, sigue habiendo aura maligna, por lo que Link y Zelda deben internarse en los cimientos del Castillo de Hyrule, a pesar de que esta estrictamente prohibido desde hace milenios. Pero allí encuentran ruinas de los Zonnan y unos murales que confirman que la llamada "Guerra del Destierro", librada en el recién fundado Hyrule para acabar con el Rey Demonio ocurrió realmente, algo que se consolida cuando encuentran al mismísimo Rey Demonio y son testigos de su despertar, lo que causa la separación de Link y Zelda. Ganondorf, la mayor amenaza que jamas ha conocido Hyrule, ha vuelto cuando el reino apenas ha comenzado a recuperarse del Cataclismo, por lo que toca ponerse manos a la obra de nuevo en una aventura que llevara a Link entre el cielo, la tierra y el subsuelo...