Poco tiempo después de salvar Hyrule, Link deja atrás el reino para buscar a Navi, pero lo que iba a ser un viaje relativamente tranquilo acaba convirtiéndose en una situación de lo más desesperada cuando tiene un encontronazo con un Skull Kid que le roba a su caballo, la Ocarina del Tiempo y le convierte en un Deku. Siguiéndolo, llega a Termina, donde se encuentra con el Vendedor de Mascaras Felices, que tambien fue victima del Skull Kid. El Vendedor le propone esto: Si Link recupera la Ocarina y la máscara robada, el Vendedor le devolverá a la normalidad. ¿Sencillo, no? Ahí es cuando vienen más malas noticias: El Vendedor tiene que dejar Termina en tres días, y como si eso no fuese poco, una Luna de aspecto terrorífico se estrellara contra Termina en tres días. ¿Y que Mascara es la que le robaron al Vendedor? La Mascara de Majora, una mascara aparentemente inofensiva, pero que tiene una historia muy oscura detrás de ello. Y Link solo tiene 72 horas para evitar el desastre...