En el año 2148, el hallazgo en Marte de las ruinas de una antigua civilización que viajaba por el espacio dio a la humanidad parte de la respuesta a la gran pregunta que se había hecho desde tiempos inmemoriales: ¿Estaba sola en el Universo? No lo estuvo en el pasado, y con el descubrimiento del efecto de masa, saber si la respuesta seguía siendo la misma era cuestión de poco tiempo.

Es el año 2183,  han pasado 35 años desde el hallazgo que llevo a la raza humana a las estrellas y 25 años del primer contacto, la humanidad, no sin algún que otro roce, se ha hecho un hueco en la comunidad galáctica. En el vuelo de prueba de la SSV Normandia, la comandante Murata Shepard es informada de la verdadera naturaleza del vuelo de prueba: Es una misión secreta a Eden Prime para asegurar una baliza proteana, algo importante si se tiene en cuenta que su tecnologia ha sido clave en la historia reciente de la galaxia. Pero eso es el inicio de una aventura que llevara a descubrir la mayor amenaza a la que se enfrentara la galaxia: Los segadores, una especie de maquinas que purgan la vida inteligente cada 50.000 años. Fueron los responsables de la extinción de los proteanos y, a menos que se haga algo, tambien lo será de otras muchas razas...